R2X和R2Y分别表示PLSDA分类模型所能够解释X和Y矩阵信息的百分比,Q2Y则为通过交叉验证计算得出,用以评价PLS-DA模型的预测能力,Q2Y越大代表模型预测效果较好。 关键数值参数提取:根据PLS-DA的建模结果,提取一系列关键数值并写入表格,并且进行进一步可视化。 得分矩阵,存储在结果文件“scoreMN.xls”中。 结果文件:得分...
其中,R2X和R2Y:分别表示模型对自变量X和因变量Y的解释率;Q2是通过对模型进行交叉验证计算得出的,用以评价模型的预测能力,通常Q2> 0.5被认为是有效模型,Q2> 0.9则表示模型非常优秀。 表1 PLS-DA模型的评价参数 注:表中A:表示主成分数;R2X:表示模型对X变量解释率;R2Y:表示模型对Y变量的解释率;Q2:表示模型...
在遇到P值和FDR值已经卡过阈值但差异代谢物仍较多的情况下,可以通过卡VIP值进一步筛选差异代谢物,通常以VIP值>1作为筛选标准。对于PLS-DA和OPLS-DA分析,结果中的R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率,Q2标示模型的预测能力,它们的值越接近于1表明模型的拟合度越好,训练集的样本越能够被准确划分到其原始...
其中R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率, Q2表示模型的预测能力,理论上R2、Q2数值越接近1说明模型越好,越低说明模型的拟合准确性越差。通常情况下 , R2、Q2高于0.5较好,高于0.4即可接受。 从图中可以看出Q2为0.994 , R2Y为1 , R2X为0.685 , Q2和R2Y的P值均小于0.01,说明 permutation test 中随...
在偏最小二乘判别分析(PLS-DA)中,R2表示模型对数据的拟合程度,而Q2表示模型的预测能力。理想情况下,R2应该接近1,而Q2也应该是正值,越接近1越好。 在进行交叉验证时,R2和Q2的截距值可以帮助判断模型是否有过拟合的倾向。 R2截距(R2Y和R2X的截距)接近0更好,说明模型没有捕捉到随机噪声,而是真实反映了数据间的...
右下图,各样本在PLS-DA轴中的坐标,颜色代表性别分组。我们可以看到,相对于上文的PCA(仅通过方差特征值分解),PLS-DA在区分组间差异时更有效(带监督的偏最小二乘判别分析)。图的下方还提供了R2X、R2Y等值,用于评估模型优度。 对于需要的结果提取和可视化。
接着，进行PLS-DA建模。模型将输出关键参数结果，并记录在“plsda_result.txt”文件中。评价模型效果时，关注R2X、R2Y和Q2Y指标，接近1的数值表示模型拟合数据效果良好。R2X和R2Y分别衡量了模型解释X和Y矩阵信息的能力，而Q2Y用于评估预测能力。提取关键数值参数，生成得分矩阵和载荷矩阵，并进行VIP分析...
从图中可以看出Q2为0.994,R2Y为1,R2X为0.685,Q2和R2Y的P值均为0.005,说明permutation Test中只有1个随机分组模型结果优于本OPLS-DA模型,一般情况下P<0.05时模型较佳。 松哥统计说 R在生信领域可谓风风火火,R包中的ropls包可以进行PCA、PLS-DA和OPLS-DA分析。SIMCA-P 软件也可以进行OPLS-DA分析。具体实现...
从图中可以看出Q2为0.994,R2Y为1,R2X为0.685,Q2和R2Y的P值均为0.005,说明permutation Test中只有1个随机分组模型结果优于本OPLS-DA模型,一般情况下P<0.05时模型较佳。 松哥统计说 R在生信领域可谓风风火火,R包中的ropls包可以进行PCA、PLS-DA和OPLS-DA分析。SIMCA-P 软件也可以进行OPLS-DA分析。具体实现...
Test图的横坐标表示模型的准确率,纵坐标表示200次permutation Test中200个模型的准确率的频数,箭头表示本OPLS-DA模型准确率所在的位置,其中R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率,Q2表示模型的预测能力,理论上R2、Q2数值越接近1说明模型越好,越低说明模型的拟合准确性越差,通常情况下,R2、Q2高于0.5较好,...