R2X和R2Y分别表示PLSDA分类模型所能够解释X和Y矩阵信息的百分比,Q2Y则为通过交叉验证计算得出,用以评价PLS-DA模型的预测能力,Q2Y越大代表模型预测效果较好。 关键数值参数提取:根据PLS-DA的建模结果,提取一系列关键数值并写入表格,并且进行进一步可视化。 得分矩阵,存储在结果文件“scoreMN.xls”中。 结果文件:得分...
其中R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率, Q2表示模型的预测能力,理论上R2、Q2数值越接近1说明模型越好,越低说明模型的拟合准确性越差。通常情况下 , R2、Q2高于0.5较好,高于0.4即可接受。 从图中可以看出Q2为0.994 , R2Y为1 , R2X为0.685 , Q2和R2Y的P值均小于0.01,说明 permutation test 中随...
在进行交叉验证时,R2和Q2的截距值可以帮助判断模型是否有过拟合的倾向。 R2截距(R2Y和R2X的截距)接近0更好,说明模型没有捕捉到随机噪声,而是真实反映了数据间的关系。 Q2截距应该小于0.05或更低,表示模型预测的偶然性很小,具有较好的预测能力。 百泰派克生物科技--生物制品表征,多组学生物质谱检测优质服务商 ...
在遇到P值和FDR值已经卡过阈值但差异代谢物仍较多的情况下,可以通过卡VIP值进一步筛选差异代谢物,通常以VIP值>1作为筛选标准。对于PLS-DA和OPLS-DA分析,结果中的R2X和R2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率,Q2标示模型的预测能力,它们的值越接近于1表明模型的拟合度越好,训练集的样本越能够被准确划分到其原始...
R2X1=0.580R2X2=0.142t1R2X1=0.741R2 14、X2=0.132t1图 1 PCA(a)和 PLS-DA(b)得分图Fig. 1 Scores plot of PCA(a) and PLS-DA (b)2.2 重要理化成分分析结合 PCA 载荷图( Loadings plot )和 PLS-DA 变量重要性因子(Variable important for the projection,VIP)分布图分析,找出对 晒青毛茶级别分类...
近红外光谱结合PLSDA鉴别不同产地的川续断
从图中可以看出Q2为0.994,R2Y为1,R2X为0.685,Q2和R2Y的P值均为0.005,说明permutation Test中只有1个随机分组模型结果优于本OPLS-DA模型,一般情况下P<0.05时模型较佳。 松哥统计说 R在生信领域可谓风风火火,R包中的ropls包可以进行PCA、PLS-DA和OPLS-DA分析。SIMCA-P 软件也可以进行OPLS-DA分析。具体实现...