这个图的做法和之前我们写过的ggplot做火山图同根同源(ggplot做火山图—添加任意基因标签|||突出显示标记基因)。我们的复现结果基本和这篇NC是一样的,有以下特点: 1、上下调基因阈值使用曲线。 2、上下调基因用不同颜色显示,且大小自定义,并显示基因名称。 ****================================================
用ggplot2画个箱式图,我们发现代码量比前面的多,但是图所展示的信息却不如上面的图。例如,这个图没有显示t值,置信区间,均值等等,而且也没有小提琴、散点。 如果用ggplot2要画出包含小提琴图和箱式图加散点,需要的代码量也会增多。 至于图的颜值,每个人的感受都不同,笔者在这里不做比较,但ggstatsplot包画出...
说到可视化,ggplot2包绝对是大多人的首选,至于原因,也不需要我过多介绍了。火山图、气泡图、箱线图、柱状图、热图……ggplot2包功能强大,且使用十分灵活,看起来似乎没有不能绘制的图。 但是,本文所要介绍的并不是ggplot2包,而是基于ggplot2的拓展包:ggstatsplot包 ggstatsplot包是ggplot2包的扩展,其中包含来自...
R语言中ggplot2的数据分面程序示例如下: ## 网格分面facet_grid()的使用,scales = "free_x"固定Y轴范围,灵活设置X轴ggplot(data = mpg,aes(x = displ,y = cty,colour = drv,shape = drv))+ geom_point(show.legend = FALSE)+facet_grid(year~drv,scales = "free_x")+ labs(x = "发动机排量"...
但是用他提供的画图代码没有能够画出图来。因为他用到了一个dot_plot()函数,没有找到这个函数是怎么来的。既然已经拿到了数据,就用ggplot2自己来画吧 读入数据做气泡图, 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T,check.names=F)head(data.fina...
install.packages("ggplot2") 1. 导入ggplot2包: library(ggplot2) 1. 创建一个简单的散点图并添加标题。使用ggplot函数和geom_point函数创建散点图,并使用labs函数添加标题: # 创建散点图plot<-ggplot(data,aes(x,y))+geom_point()# 添加标题plot<-plot+labs(title="标题") ...
library(ggplot2)主要函数及参数 • Key functions: geom_line(), geom_step(), geom_path()• Key arguments to customize the plot: alpha, color, linetype and size.绘图数据 df <- data.frame(dose=c("D0.5", "D1", "D2"), len=c(4.2, 10, 29.5))head(df)df2 <- data.frame...
ggplot(economics, aes(x=date)) + geom_line(aes(y = psavert), color = "darkred") + geom_line(aes(y = uempmed), color="steelblue", linetype="twodash") + theme_minimal()require(reshape2)df <- melt(economics[, c("date", "psavert", "uempmed")], id="date")ggplot(df,...
分析结果以文本文件的形式输出，其geneID即为EntrezID，通过setReadable函数轻松转换。接下来，enrichplot包就像一位精细的艺术家，能绘制出吸引眼球的barplot和dotplot，而ggplot2则负责将这些图形提升到艺术的高度，赋予它们独特的美学。在探索数据之美时，Enrichment Factor或Fold Enrichment是常用的视觉元素。...
ggscatterstats( data = ggplot2::msleep, x = sleep_rem, y = awake, xlab = "REM sleep (in hours)", ylab = "Amount of time spent awake (in hours)", title = "Understanding mammalian sleep" )Defaults return✅ raw data + distributions ✅ marginal distributions ✅ inferential ...