4. 用enrichplot进行富集结果可视化:pathviewgoplotbarplotcnetplotemapplottreeplot heatplot upsetplot 承接上期文章:RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较,一下介绍用差异基因进行GO、KEGG富集分析与enrichplot可视化 1. 获取DEG结果的上下调差异基因 载入上节RNA-seq入门的简单实战(五)...
单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot ,VlnPlot 和 DoHeatmap集中 ,在Seurat中均可以实现,但文献中的图大多会精美很多。之前scRNA复现|所见即所得,和Cell学umap,plot1cell完成惊艳的细胞注释umap图介绍了一种绘制惊艳umap图的方式;在跟SCI学umap图| ggplot2 绘制umap图,坐标位置 ,颜色 ,大小还不...
运行 AI代码解释 library(dplyr)## 健明老师视频中代码为avg_logFC,和我的seurat版本不一样,检查发现我对应的列名是avg_log2FC top5<-sce.markers%>%group_by(cluster)%>%top_n(5,avg_log2FC)DoHeatmap(sce,top5$gene,size=3)p<-DotPlot(sce,features=unique(top5$gene),assay="RNA")+coord_flip...
3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集 4.用enrichplot进行富集结果可视化:pathview goplot barplot dotplot cnetplot emapplot treeplot heatplot upsetplot 承接上期文章:RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较,本节介绍使用差异基因进行GO、KEGG富集分析与enrichplot可视化 1. 获取DEG结果...
ggballoonplot(气球图)可用于多分类数据的可视化展示,其中每个单元格都包含一个点,其大小反映了相应组件的相对大小。 本文将使用ggpubr中的ggballoonplot()函数以及ggplot2分别绘制。 一 载入数据,R包 一、载入R包 数据 #使用示例数据 代码语言:javascript ...