ont 参数可以选择"BP", "MF" "CC" 或 "ALL",表示对细胞组分(cellular component, CC)、分子功能(molecular function, MF)、生物过程(biological process, BP)或全部的基因通路进行富集,可以根据实际需求选择 enrichKEGG()要设置organism = "mmu",由于其没有readable参数,因此之后还要用DOSE包的setReadable进行转化...
这里可以设置km参数,设置后根据k值聚类为几簇。 3,添加celltype注释,细节调整 HeatmapAnnotation函数添加注释 ,颜色自定义;Heatmap函数自定义颜色,大小,legend等。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 #注释信息 celltypecolnames(exp_mat)cluster_anno<-c("Epi","Myeloid","Fibroblast",...
这样就可以很明显的比较不同数据集中,重点基因的表达上调,下调情况以及 差异表达的P值。 更多参数请参考:https://www.rdocumentation.org/packages/ggpubr/versions/0.4.0/topics/ggballoonplot 三、 ggplot2绘制气泡图 使用ggplot2绘制气球图,按照点图的方式绘制即可。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Clo...
函数的参数pvalueCutoff 默认为 0.05,qvalueCutoff 默认为 0.2,可根据实际情况自行调整大一些 enrichGO()中要设置OrgDb = "org.Mm.eg.db";readable = TRUE表示将entrez ID转化为gene Symbol;ont 参数可以选择"BP", "MF" "CC" 或 "ALL",表示对细胞组分(cellular component, CC)、分子功能(molecular function...