整体而言,与野生型PI3Kα的冷冻电镜结构(PDB ID: 7MYN)7相比,这三个复合物的结构显示出广泛的一致性。 图2. Y型配体–PI3Kα复合物整体结构比较。A,具有新型骨架的三种Y型PI3Kα配体。三肽连接部分(LFluo, 黑色虚线框内)不结合PI3Kα6;B,Cpd16–PI3Kα、Cpd17–PI3Kα和Cpd18–PI3Kα三个复合物冷冻电镜...
结果显示,在整体方面,与其野生型的冷冻电镜结构(PDB IDs:7MYN和7MYO)相比6,突变体H1047R显示出广泛的一致性(图1A),而突变体E542K和E545K则展现出p85α与p110α相互作用被破坏及柔性显著增加的ABD结构域(图1B-C)。 图1. A,突变...
化合物9x的对接模型研究 为了进一步了解化合物9x具有高抑制活性和选择性的原因,作者将9x与PI3Kδ结构(PDB ID: 4XE0)进行对接处理(图5)。结果表明化合物9x(S构型)以螺旋桨形状结合在PI3Kδ激酶结构域的ATP结合位点上,吲唑母核使分子与口袋具有良好...
磷脂酰肌醇-3激酶信号通路的异常激活与肿瘤的发生与发展密切相关,被视为开发癌症治疗药物的关键靶点之一.本次实验采用基于靶点的虚拟筛选方法,根据Lipinski's规则和PAINS规则对ZINC15化合物数据库进行类药性筛选并从中过滤出来500万个化合物,使用分子对接软件Autodock-vina将这批化合物对接到PI3Kα蛋白激酶(PDB ID:2RD...
研究显示,这三种Y型配体均采取一种独特和之前未见报道的方式与PI3Kα结合(图2B)。整体而言,与野生型PI3Kα的冷冻电镜结构(PDB ID: 7MYN)7相比,这三个复合物的结构显示出广泛的一致性。 图2. Y型配体–PI3Kα复合物整体结构比较。A,具有新型骨架的三种Y型PI3Kα配体。三肽连接部分(LFluo, 黑色虚线框内)不...
分别从PDB蛋白质结构数据库和PubChem数据库中下载受体的晶体结构和配体的化学结构,ERK2对应的PDB ID为4ZZN,采用AutoDock Tools工具对上述蛋白受体和配体进行常规处理,再用其Autogrid模块得到对接活性位点,运行程序进行分子对接,并利用Pymol软件绘制光甘草定与ERK2分子对接图。
PI3K (PDB ID: 3LJ3)[29]的结构从RCSB蛋白数据库(https://www.rcsb.org/)下载,导入discovery Studio 2016。同时对PI3K进行清洗、制备、除水、加氢处理。最后,选择局部灵活性程序CDOCKER执行具有特殊结合位点和受体半径的对接程序。基于-CDOCKER能量评分、交互位点和交互作用力类型对分子对接结果进行评价[30]...
(b) Superposition of the X-ray crystal structures of human PI3Kγ (light blue) bound to 3 (PDB ID: 6XRL; 3 shown as a stick model and colored according to the atom type, with C in cyan, N in blue, and O in red) and mouse PI3Kδ (light green) complexed with 1 (C in yellow...
Materials and methods Protein preparation. Crystal structures of PKC-η (PDB ID: 3TXO)43, HRas-P21 (PDB ID: 121P)44, AKT-1 (PDB ID: 3CQW)45, Ras (PDB ID: 1LFD)46, PI3K-α (PDB ID: 4A55)47, MEKK3 (PDB ID: 2PPH)48, NFκB-P52 (PDB ID: 1A3Q)49, MEKK2b (PDB...
PI3K (PDB ID: 3LJ3)[29]的结构从RCSB蛋白数据库(https://www.rcsb.org/)下载,导入discovery Studio 2016。同时对PI3K进行清洗、制备、除水、加氢处理。最后,选择局部灵活性程序CDOCKER执行具有特殊结合位点和受体半径的对接程序。基于-CDOCKER能量评分、交互位点和交互作用力类型对分子对接结果进行评价[30]...