MTX-531中喹唑啉环的1 位与EGFR的M793骨架酰胺形成关键氢键(图1c)。 图1.c,EGFR 与 MTX-531 (PDB:8SC7 ) 的共晶体结构。左为二级结构;右图是 MTX-531 从 ATP 结合位点与 EGFR 结合的视图。 4 位的取代基与 K745 和 ...
整体而言,与野生型PI3Kα的冷冻电镜结构(PDB ID: 7MYN)7相比,这三个复合物的结构显示出广泛的一致性。 图2. Y型配体–PI3Kα复合物整体结构比较。A,具有新型骨架的三种Y型PI3Kα配体。三肽连接部分(LFluo, 黑色虚线框内)不结合PI3Kα6;B,Cpd16–PI3Kα、Cpd17–PI3Kα和Cpd18–PI3Kα三个复合物冷冻电镜...
因此,寻找其它空腔并开发相应的抑制剂具有重要意义。 目前,一个非ATP类型的别构口袋已经被发现(PDB:4A55),然而该口袋尚不清楚其具体功能,作者认为该结合位点不太可能产生有效的别构抑制剂。基于片段的筛选,作者鉴定在E542K和E545K突变热点处具有磷酸肽结合作用的别构抑制剂口袋,并获得了满意的结果。这些变构口袋总...
为了进一步阐明IATL介导的STAT3抑制的机制,进行了分子对接,用于检测IATL是否与STAT3蛋白直接结合。结果表明,IATL与STAT3蛋白的蛋白激酶结构域( PDB:6NUQ )对接,自由结合能为-6.2 kcal/mol。IATL结合在STAT3蛋白的Ile653和Tyr640提供的疏水裂隙中,暗示IATL与STAT3的Src同源2 (SH2 ,残基586~688)结构域结合(图...
2.1.6分子对接验证通过ZINC数据库、PubChem数据库下载成分结构的sdf格式文件,通过PyMOL将其转换为pdb格式;从PDB数据库筛选下载靶点蛋白结构。运用Auto Dock软件对蛋白结构去水、加全氢、导出为pdbqt(设置为配体);对小分子加全氢、设置为配...
磷脂酰肌醇-3激酶信号通路的异常激活与肿瘤的发生与发展密切相关,被视为开发癌症治疗药物的关键靶点之一.本次实验采用基于靶点的虚拟筛选方法,根据Lipinski's规则和PAINS规则对ZINC15化合物数据库进行类药性筛选并从中过滤出来500万个化合物,使用分子对接软件Autodock-vina将这批化合物对接到PI3Kα蛋白激酶(PDB ID:2RD...
分别从PDB蛋白质结构数据库和PubChem数据库中下载受体的晶体结构和配体的化学结构,ERK2对应的PDB ID为4ZZN,采用AutoDock Tools工具对上述蛋白受体和配体进行常规处理,再用其Autogrid模块得到对接活性位点,运行程序进行分子对接,并利用Pymol软件绘制光甘草定与ERK2分子对接图。
研究显示,这三种Y型配体均采取一种独特和之前未见报道的方式与PI3Kα结合(图2B)。整体而言,与野生型PI3Kα的冷冻电镜结构(PDB ID: 7MYN)7相比,这三个复合物的结构显示出广泛的一致性。 图2. Y型配体–PI3Kα复合物整体结构比较。A,具有新型骨架的三种Y型PI3Kα配体。三肽连接部分(LFluo, 黑色虚线框内)不...
PI3K (PDB ID: 3LJ3)[29]的结构从RCSB蛋白数据库(https://www.rcsb.org/)下载,导入discovery Studio 2016。同时对PI3K进行清洗、制备、除水、加氢处理。最后,选择局部灵活性程序CDOCKER执行具有特殊结合位点和受体半径的对接程序。基于-CDOCKER能量评分、交互位点和交互作用力类型对分子对接结果进行评价[30]...
XJTU-L453与PI3Kα催化活性区 (PDB ID: 5DXT)的结合模式 XJTU-L453对荷瘤(MCF-7)重度免疫缺陷NCG鼠的体内抗乳腺癌作用 XJTU-L453的发现工作近日以《新型6H-苯并[c]苯并吡喃系列PI3Kα选择性抑制剂的合理设计》(The Rational Design of a Novel 6H-Benzo[c]chromen Series as Selective PI3Kα Inhibitors)...