phyml建树之后显示数值的步骤如下：1、在PhyML输出文件中找到相应的树文件，是以".nwk"或".tre"结尾的文件。2、打开树文件，可以使用文本编辑器或者专业的生物信息学软件，如MEGA、FigTree等。3、在树文件中找到需要显示数值的节点，一般是在节点后面用方括号"[]"括起来的数字或字母，例如"[0.8]"...
from phytreeviz import TreeViz, load_example_tree_file from matplotlib.patches import Patch tree_file = load_example_tree_file("medium_example.nwk") tv = TreeViz(tree_file, height=0.3, align_leaf_label=True, leaf_label_size=10) tv.show_scale_bar() group1 = ["Hylobates_moloch", "Noma...
14.接下里是TreeSearching,我们选择如下图红色圈出来的选项 (注:如果你选择自己载入文件的话,载入的需要是.nwk格式的 树文件,即MEGA软件输出的树文件,这个自己载入的选项的意 义是当你想把PhyML构建的树与这个固定的树进行相似度比较时 才使用) 15.然后是对BranchSupport进行设置,选择下图红色圈出来的参 ...
prune_tree.py: prune out a set of taxa from a Newick tree. Can be used with -v to retain the listed taxa instead. E.g. to prune out the two taxa "SB" and "SBA" from the tree test_data/tree.nwk and output to pruned.nwk, run python prune_tree.py -i test_data/tree.nwk -o...
并联物种树 sp.nwk 基因树,基因树放置于单个文件夹中 genetr/ 树需要置根,置根可以使用nwutils nw_reroot x.nwk outgroup>x.rooted.nwk 使用示例 java -jar target/phyparts-0.0.1-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar -a1-d genetr -m sp.nwk -o out ...
14.接下里是TreeSearching，我们选择如下图红色圈出来的选项（注：如果你选择自己载入文件的话，载入的需要是.nwk格式的树文件，即MEGA软件输出的树文件，这个自己载入的选项的意义是当你想把PhyML构建的树与这个固定的树进行相似度比较时才使用）15.然后是对BranchSupport进行设置，选择下图红色圈出来的参数（注：也...
感谢老师的回复，我的内存是16G，硬盘2个分别是1T和4T，逻辑处理器是12，重新运行几遍还是不行； 我...
并联物种树 sp.nwk 基因树,基因树放置于单个文件夹中 genetr/ 树需要置根,置根可以使用nwutils nw_reroot x.nwk outgroup > x.rooted.nwk 使用示例 java -jar target/phyparts-0.0.1-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar -a 1 -d genetr -m sp.nwk -o out 重要的输出文件有`out.concon.tre`, `ou...