5pfamscan的translate选项应该怎么使用translate命令应该添加到环境变量PATH当中；这个命令应该是在安装hmmer的...
使用 pfam_scan.pl-fasta/mnt/d/Documents/test.pep.fa-dir/mnt/d/pfam_scan/hmmer-3.2/-outfile pfam_scan_result.fa-as#注意:这里-dir后为pfam所在路径非文件#参数-dir : Pfam_data_file_dir 包含Pfam数据文件的目录[必须]-fasta : fasta_file 包含序列的输入文件名[必须]-e_seq 序列E-value阈值[不...
1.PfamScan软件安装 #这里推荐使用conda 安装 conda create -n pfam_scan python=3.7 #创建一个conda环境用于安装pfam_scam conda install -c bioconda pfam_scan hmmer hmmer2 -y #安装必要的软件 #or download from ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/Tools/;#可选方案,从官网下载安装,依赖bioperl...
3.使用hmmscan 进行Pfam注释 Pfam 数据库中每个编号代表一个蛋白质家族。Pfam 分 A 和 B 两个数据库,其中 A 数据库是经过手工校正的高质量数据库, B 数据库虽然质量低些,依然可以用来寻找蛋白质家族的保守位点。Pfam 30.0以后的版本,Pfam-B就去除掉了,所以我们只关心PfamA就好了。 # 因为我要查看结构域的大...
pfam_scan依赖bioperl,因此,通过conda安装简单快捷. 安装hmmer3 , 使用以下命令安装: $ wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer-3.2.tar.gz $ tar -xzvf hmmer-3.2.1.tar.gz $ cd hmmer-3.2 $ ./configure $ make $ make check $ make install # 添加至环境变量 vim ~/.bashrc export PATH=/...