SEQ 3. pfam数据库的注释及本地分析 (pfam_scan), 视频播放量 309、弹幕量 0、点赞数 8、投硬币枚数 0、收藏人数 12、转发人数 3, 视频作者 桓峰基因, 作者简介 ,相关视频:SEQ 10. 预测真核生物蛋白质的亚细胞定位(DeepLoc),SEQ 9. α-螺旋和 β-桶跨膜蛋白的预测(DeepTM
运行pfam_scan.pl的时候报错: 报错原因: pfamscan程序-translate和python的translate冲突,报这个错是因为此时调用的是python里的translate 解决办法: 把hmm里面的translate写到PATH里面并且居于比较优先调用的位置: export PATH=/share/work/biosoft/hmmer/hmmer-2.3.2/squid:$PATH发表于 2024-08-27 16:44 阅读( 818...
微课堂中分析工具培训课程的链接地址:http://nmdc.cn/video Pfamscan工具介绍 #Pfam(http://pfam.sanger.ac.uk/)是一个被广泛使用的蛋白家族数据库,Pfam可以通过http://pfam.sanger.ac.uk/使用,他有两个数据库,高质量,手工确定的Pfam-A,自动注释...
切换模式 登录/注册 李保北 pfam命令 | pfam_scan.pl -fasta Cse.pep -dir /www/tools/PfamScan/pfamdata -outfile Cse.pfam -cpu 1 发布于 2023-04-27 19:43・IP 属地河北 赞同 1 分享 收藏 写下你的评论... 登录知乎,您可以享受以下权益: ...
5pfamscan的translate选项应该怎么使用translate命令应该添加到环境变量PATH当中；这个命令应该是在安装hmmer的...
PfamScan分析系统平台是由中国科学院微生物研究所著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR0285124,属于分类,想要查询更多关于PfamScan分析系统平台著作的著作权信息就到天眼查官网!
git clone https://github.com/fpozoc/hp-pfamscan.git cd HP-PfamScan conda env create --file environment.yml conda activate pfamscan In case the user does not choose Conda as the desired environment, this instructions described here can be followed. Disclaimer: Pfam-B has not been uploaded ...
随着高通量测序技术的发展,我们完全可以通过一级序列来预测该基因的结构域,pfam数据库是一个不错的选择,本文将记录通过pfam_scan来完成对多序列文件的结构域注释。虽然网页工具也能做这部分内容(https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/hmmscan),但是会限制文件大小。所以本地注释方法也需要掌握。
pfam_scan.pl参数如下: pfam_scan.pl参数 一般情况下,我们只需要用到三个参数: -fasta需要检索的蛋白序列的fasta文件; -dir存放Pfam-A数据库的目录; -outfile需要输出的文件名字。 在最终的输出结果里面,我们一般可以通过两种方式去检索自己所需要的基因: ...
hmmpress Pfam-A.hmm hmmpress Pfam-B.hmm 2.2 pfam_scan 使用说明: pfam_scan.pl -fasta -dir Additonal options: -h : show this help -o : output file, otherwise send to STDOUT -clan_overlap : show overlapping hits within clan member families (applies to Pfam-A families only) ...