新春伊始,万象更新,PDBbind数据库也以新的面目跨进新年。我们在此宣布:PDBbind 2024版本已在PDBbind+网络平台(pdbbind-plus.org.cn)正式上线!PDBbind数据库由本团队多年来精心打造,专注于收集和整理Protein Data Bank中各类生物分子复合物的三维结构信息及其亲合性实验数据。该数据库为分子对接、虚拟筛选、药-靶作...
因此,从PDBbind v.2017开始,我们决定将核心集与PDBbind数据包分离。用户可以下载CASF数据包以获取核心集。完整的CASF数据包可在我们的PDBbind-CN网站上下载,网址为http://www.pdbbind-cn.org/casf.asp。 请注意,最新的“core set”是v.2016,它是根据PDBbind v.2016的内容编译的。该数据集由57个集群中的28...
据不完全统计，国内外用户利用PDBbind数据库提供的高质量数据信息已公开发表的研究工作就超过了1000项。PDBbind数据库2021版是该数据库历史上最重要的一次更新，标志着一个全新的开端。PDBbind 2021版以及未来的版本将唯一地在全新的PDBbind+网络平台上发布（http://www.pdbbind-plus.org.cn/）。PDBbind 2021版主要...
图1：（A）PDBbind 2021版涵盖了超过27000个已知亲合性实验数据的复合物，经过精心挑选，共计6363个蛋白-配体复合物被纳入精选集；（B）展示了一个含金属蛋白的复合物实例（PDB编号6WBQ），其中小分子配体Tubastatin A与含锌蛋白HDAC10紧密结合。图2：PDBbind+网站提供了PDBbind 2021版的最新索引数据包，并新增了...
PDBbind数据库在计算机辅助药 APPLICATION e-Science 总第6期本文首先回顾了e-Science的产生背景与内涵，分析了信息化技术在现代计算机辅助药物设计中的重要作用与意义。然后介绍本课题组科研工作的主要内容与框架，以PDBbind数据库的构建和开发为案例，阐明本课题组的信息化应用架构，介绍了一些基于PDBbind数据库开发的...
PDBbind数据库在计算机辅助药 APPLICATION e-Science 总第6期本文首先回顾了e-Science的产生背景与内涵，分析了信息化技术在现代计算机辅助药物设计中的重要作用与意义。然后介绍本课题组科研工作的主要内容与框架，以PDBbind数据库的构建和开发为案例，阐明本课题组的信息化应用架构，介绍了一些基于PDBbind数据库开发的...
The PDBbind database aims at providing a comprehensive collection of experimentally measured binding ...
PDBbind数据库版本更新至v2020，此版本基于2020年1月1日发布的PDB内容，相较于v2019，数据量有了显著增长。共收录了23,496个生物分子复合物，包括蛋白质-配体（19,443个），核酸-配体（149个），蛋白质-核酸（1,052个）和蛋白质-蛋白质复合物（2,852个），较上一版增长了9.1%。所有数据由我们的...
PDBbind_dataset.tar.gz (732.73M) 下载 PDBbind_v2016 File Name Size Update Time refined-set/10gs/10gs_ligand.mol2 6073 2016-12-06 03:00:20 refined-set/10gs/10gs_ligand.sdf 5556 2020-12-14 11:11:30 refined-set/10gs/10gs_pocket.mol2 77683 2020-08-07 00:38:16 refined-set/10gs...
1. 维护和更新成本 PDBbind数据库的维护和更新需要大量的人力、物力和时间投入。从2021年开始，PDBbind...