图1:(A)PDBbind 2021版总计包含27000多个已知亲合性实验数据的复合物,从中挑选出6363个蛋白-配体复合物作为精选集;(B)含金属蛋白的复合物示例 (PDB编号6WBQ),小分子配体Tubastatin A与含锌蛋白HDAC10相结合。 图2:PDBbind+网站的下载页面:其中更新了PDBbind 2021版的索引数据包,并新增了蛋白-配体复合物精选集...
据不完全统计，国内外用户利用PDBbind数据库提供的高质量数据信息已公开发表的研究工作就超过了1000项。PDBbind数据库2021版是该数据库历史上最重要的一次更新，标志着一个全新的开端。PDBbind 2021版以及未来的版本将唯一地在全新的PDBbind+网络平台上发布（http://www.pdbbind-plus.org.cn/）。PDBbind 2021版主要...
PDBbind核心集不包含在PDBbind数据包中，因为它不会像PDBbind本身那样每年更新。用户可以通过在pdbbind.org.cn/casf.php下载CASF数据包获取PDBbind核心集。最新版本的PDBbind核心集包含在CASF-2016中，由285个蛋白质-配体复合物组成。PDBbind数据库中的每个复合物的基本信息是完全公开的（请参见[BROWSE...
PDBbind数据库版本更新至v2020，此版本基于2020年1月1日发布的PDB内容，相较于v2019，数据量有了显著增长。共收录了23,496个生物分子复合物，包括蛋白质-配体（19,443个），核酸-配体（149个），蛋白质-核酸（1,052个）和蛋白质-蛋白质复合物（2,852个），较上一版增长了9.1%。所有数据由我们的...
The PDBbind database aims at providing a comprehensive collection of experimentally measured binding ...
PDBbind数据库在计算机辅助药 APPLICATION e-Science 总第6期本文首先回顾了e-Science的产生背景与内涵，分析了信息化技术在现代计算机辅助药物设计中的重要作用与意义。然后介绍本课题组科研工作的主要内容与框架，以PDBbind数据库的构建和开发为案例，阐明本课题组的信息化应用架构，介绍了一些基于PDBbind数据库开发的...
PDBbind数据库在计算机辅助药 APPLICATION e-Science 总第6期本文首先回顾了e-Science的产生背景与内涵，分析了信息化技术在现代计算机辅助药物设计中的重要作用与意义。然后介绍本课题组科研工作的主要内容与框架，以PDBbind数据库的构建和开发为案例，阐明本课题组的信息化应用架构，介绍了一些基于PDBbind数据库开发的...
PDBbind_dataset.tar.gz (732.73M) 下载 PDBbind_v2016 File Name Size Update Time refined-set/10gs/10gs_ligand.mol2 6073 2016-12-06 03:00:20 refined-set/10gs/10gs_ligand.sdf 5556 2020-12-14 11:11:30 refined-set/10gs/10gs_pocket.mol2 77683 2020-08-07 00:38:16 refined-set/10gs...
本文中一共进行了以下几方面的工作:(1)从PDBbind(version 2007)的核心集出发,以活性μM为主要标准筛选了一个由66个蛋白-配体复合物组成的涵盖蛋白范围较广的测试集,称为66-test-set,并在该测试集上进行DOX方法的测试.(2)首先将66个复合物在SYBYL分子对接方法上进行测试.分子对接在MM水平上搜索到一个质量较好...
We have developed the PDBbind database to provide a comprehensive collection of binding affinities for the protein-ligand complexes in the Protein Data Bank (PDB). This paper gives a full description of the latest version, i.e., version 2003, which is an update to our recently reported work...