PDBe CCDUtils 通过提供搜索配体对抗精选片段库的方法，协助片段为基础的药物发现。这增强了开发具有更高特异性和结合特性的化合物。图 1：PDBe CCDUtils 组件表示 PDBe CCDUtils 的核心结构是 Component 对象，代表小分子。该对象不仅提供描述和属性的元数据访问，还涵盖了如骨架和片段信息、UniChem 的交叉引用，以及...
配体结构质量比较。顶部的三个2D图表显示了CCD ID为Y01的配体结构在同一结构中的质量度量,相同化合物结合到相同蛋白质靶标的不同结构中的配体结构比较,以及任何PDB条目中相同化合物的配体结构,分别为顶部图表的中间和右侧绘制。只选择包含该配体的前五个PDB条目用于中间和最右侧的图表。每个图表中的绿色菱形符号表示在...
CCD线径测量传感器由检测头(发射和接收)以及控制器三部分组成,是检测和测量目标宽度和位置的传感器。相比于传统的亮度检测方法和激光扫描方法,利用CCD的检测方法更加稳定可靠,检测精度更高。 2023-12-23 - 原厂动态 代理服务 技术支持 采购服务 展开更多电子...
REMARK 200 REMARK 200 DETECTOR TYPE : CCD REMARK 200 DETECTOR MANUFACTURER : ADSC QUANTUM 315R REMARK 200 INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : XDS REMARK 200 DATA SCALING SOFTWARE : XSCALE, XDS REMARK 200 REMARK 200 NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS : 17966 REMARK 200 RESOLUTION RANGE HIGH (A) : 1.810...
一个CCD配体可能存在于多个PDB结构中，并且在单个PDB结构中有多个副本。配体结构质量指的是其与实验数据的匹配程度以及几何参数（如键长和角度）的准确性。wwPDB验证报告提供了个别配体质量的验证，包括实验数据的局部电子密度拟合指标，如X射线结构的实空间R因子（RSR）和实空间相关系数（RSCC），由EDS（...
- 对于中短链的Loop(6~12) 最好直接先用CCD生成一个粗略的模型，然后用NGK建模方法进行详细地优化, ...
SQL> show pdbs CON_ID CON_NAME OPEN MODE RESTRICTED --- --- --- --- 2 PDB$SEED...
wwPDB 化学成分字典 (CCD) 使用独特的标识符 CCD ID 和详细的化学描述定义了 PDB 中发现的每个独特的小分子配体(Westbrook 等人,2015)。每个独特定义的 CCD 配体可能存在于多个 PDB 结构中,并且可能在一个 PDB 结构内具有多个副本。我最终得到了两个解决方案:...
在Rosetta的remodel和loopmodeling模块中，CCD方法被用于Loop建模。修复Loop结构首先需要准备蓝图文件，通过getBluePrintFromCoords.pl脚本，从初始pdb文件中提取信息，如缺失Loop的起始和终止位置以及氨基酸类型。用户需根据需要在蓝图中明确指定，例如，12-13位置间插入KPG序列，并注意定义两端残基的二级结构倾向...
蛋白是生物体内的重要组成部分,它们扮演着许多关键生物功能的角色,比如催化化学反应、传递信号和维持细胞结构等。了解蛋白的结构对于理解其功能以及设计新药物等具有重要意义。在蛋白领域,pdb文件被广泛用于表示蛋白的结构信息。本文将深入探讨蛋白三级结构pdb文件的相关知识。 三级结构和pdb文件的定义 三级结构 蛋白的三级结...