以下是PDB条目6wjc中CCD ID为Y01和OIN的配体的结构质量评估: 在结构摘要页面上:1D滑块 下图显示了带有CCD ID为Y01和OIN的配体最佳实例的配体拟合质量呈现。滑块的红色端标记为0(0%),表示拟合程度较差,而蓝色端标记为1(100%),表示拟合程度较好。 结构摘要页面上的配体质量摘要滑块。这里呈现的1D图表具有颜色...
PDBe CCDUtils 通过提供搜索配体对抗精选片段库的方法，协助片段为基础的药物发现。这增强了开发具有更高特异性和结合特性的化合物。图 1：PDBe CCDUtils 组件表示 PDBe CCDUtils 的核心结构是 Component 对象，代表小分子。该对象不仅提供描述和属性的元数据访问，还涵盖了如骨架和片段信息、UniChem 的交叉引用，以及...
RCSB PDB提供了一种查看和解读配体结构质量评估的方法，以选择最佳配体实例进行进一步分析，并作为设计和开发的起点。例如，对于PDB条目6wjc中的CCD ID为Y01和OIN的配体，提供了多种查看和选择方式，包括结构摘要页面上的1D滑块、"Ligands"选项卡页面上的2D配体质量图和表格报告。为了帮助确定最符合分析需求...
pdbeccdutils PDBE-6878: Sort nodes of graph based on residue id and chain (#25) May 24, 2024 .gitignore Add job to publish to PyPI (#7) Mar 21, 2023 .gitlab-ci.yml Pdbe 5219 (#4) Mar 8, 2023 .pre-commit-config.yaml Add job to publish to PyPI (#7) Mar 21, 2023 CHANGELOG...
CCD线径测量传感器由检测头(发射和接收)以及控制器三部分组成,是检测和测量目标宽度和位置的传感器。相比于传统的亮度检测方法和激光扫描方法,利用CCD的检测方法更加稳定可靠,检测精度更高。 2023-12-23 - 原厂动态 代理服务 技术支持 采购服务 展开更多电子...
wwPDB 化学成分字典 (CCD) 使用独特的标识符 CCD ID 和详细的化学描述定义了 PDB 中发现的每个独特的小分子配体(Westbrook 等人,2015)。每个独特定义的 CCD 配体可能存在于多个 PDB 结构中,并且可能在一个 PDB 结构内具有多个副本。我最终得到了两个解决方案:...
导读PDBe CCDUtils 是一款专为处理和分析 PDB 中小分子而设计的多功能工具包,。 该工具包能快速获取 PDB 中小分子的全部元数据。 它利用 RDKit 计算多种属性,包括 2D 描述、 3…阅读全文 赞同 添加评论 分享收藏 [oeasy]python0007-调试程序_debug overmind1980 高等教育行业 从业人...
A set of atomic model coordinates from a selected experimental entry and a computed set of ideal atomic coordinates are provided for each entry in the CCD. Hydrogen atoms are computationally added to the experimental coordinates and unobserved heavy atoms, such as leaving groups specified by ...
在Rosetta的remodel和loopmodeling模块中，CCD方法被用于Loop建模。修复Loop结构首先需要准备蓝图文件，通过getBluePrintFromCoords.pl脚本，从初始pdb文件中提取信息，如缺失Loop的起始和终止位置以及氨基酸类型。用户需根据需要在蓝图中明确指定，例如，12-13位置间插入KPG序列，并注意定义两端残基的二级结构倾向...
isomorphism search for deposited ligands and non-standard polymer residues against the PDB CCD (Westbrook et al., 2015), and lists any matching chemical components, with interactive 2D and 3D ligand views that allow comparison between depositor-provided chemical information and the matched CCD entry....