做一个单引物对照，就是只加一边引物的PCR，最好再加一个空模板对照，估计1000bp的这个条带不是你的...
可能菌在保存的过程中突变了，序列变化了。酶和水一般不会出问题。程序肯定也是没问题的。
很可能是引物出了问题，变温太多次或者污染的情况，设计新引物试试看。也有可能是模板菌不对，菌污染...