做一个单引物对照，就是只加一边引物的PCR，最好再加一个空模板对照，估计1000bp的这个条带不是你的...
楼主PCR产物检测大小是对的，但Marker只是分子量标准，对于相同大小或相差不大的非特异性扩增产物无法区分，因此楼主可以选择改换更加特意的引物或者对自己的实验体系进行调整，应该可以得到你需要的东西。最后还有一点提醒楼主，把自己的基因序列再重新对一遍，别是自己看错了，绕了半天圈子浪费时间，因为自己...
可能菌在保存的过程中突变了，序列变化了。酶和水一般不会出问题。程序肯定也是没问题的。
很可能是引物出了问题，变温太多次或者污染的情况，设计新引物试试看。也有可能是模板菌不对，菌污染...