我的两个植物样,送去做microRNA的illumina HiSeq测序,公司给我送回来的数据是paired-end类型的,每个样品都有两个同样大小的序列文件,分别存储microRNA的序列及其反向互补序列。 现在在前期过滤序列时遇到了问题了,同一个样品的两份数据因为其测序质量不一样,过滤掉的reads就可能不一样。我的问题是后续分析都只需一个样品的一份
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ snap-aligner paired snapindex g38L100c10000000Nhs20Paired1. g38L100c10000000Nhs20Paired1.aln g38L100c10000000Nhs20Paired1.fq g38L100c10000000Nhs20Paired1.sai hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ snap-aligner p...
echo $startTime4 bwa mem ~/xubo/ref/GRCH38L1Index/GRCH38chr1L3556522.fasta ~/xubo/ref/GRCH38L1Index/pe/g38L100c10000000Nhs20Paired1.fq ~/xubo/ref/GRCH38L1Index/pe/g38L100c10000000Nhs20Paired2.fq > ~/xubo/ref/GRCH38L1Index/pe/g38L100c10000000Nhs20Paired12.sam endTime4=`date +"%s...
1.1Paired-endreads Paired-endreadscanencodeinformationaboutthepresenceandnatureofstruc- turalvariantsinthegenome.Medvedevetal.provideanexcellentreviewina recentmanuscript([4]).Paired-endreadsaregeneratedinarelativelystraight- forwardway.Asreview,thepaired-endsequencingprocessataveryhighlevel ...
R:错误: sample_info必须是列sample_name、file_bam、paired_end、read_length、frag_length、lib_size的数据帧我相信大家经常会使用Excel对数据进行排序。有时候我们会按照两个条件来对数据排序。假设我们手上有下面这套数据，9个人，第二列（score）为他们的考试成绩，第三列（code）为对应的评级。80分以上为优秀...
QIIME2导入数据 | 使用QIIME2进行分析,下面这样导入数据: qiime tools import \ --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \ --input-path manif.txt \ --output-path out.qza \ --input-format PairedEndFastqManifestPhred33 在导入数据时有如下报错: ...