Single-read、Paired-end和Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。本期主要介绍双端测序中的Paired-end reads 情况。 测序原理 PE/MP 测序也叫双向测序,是对一个长的序列测得其两端的序列。两端的序列形成"一对",中间的距离叫插入长度(insert length)。 Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头...
单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)的关系,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)的关系 目前3种测序技术 Roche 454,illumina Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。 在基因组De Novo测序过程中,Roche 454的单端测序读长可以达到400 bp,经常用于基因组骨架的组装,而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap。
R. Chikhi and D. Lavenier, "Paired-end read length lower bounds for genome re-sequencing," Bmc Bioinformatics, vol. 10, 2009. :Chikhi, R., Lavenier, D.: Paired-end read length lower bounds for genome re- sequencing. BMC Bioinformatics 10(suppl. 13), O2 (2009)...
read is present it is placed in *.fastq. Biological reads and above are ignored 也就是说如果SRA文件中只有一个文件，那么这个参数就会被忽略。如果原文件中有两个文件，那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,_2.fastq这样分开。如果还有出现了第三个文件，就意味着这个文件本身是未成配对的部分...
单端测序（Single-read）：是指测序引物结合位点只连接到待测片段的一端，然后末端加上接头，将片段固定...
以solexa为例,对单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)进行介绍。Single-read、Paired-end和Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。 单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段,引物序列连接到DNA片段的一端,然后末端加上接头,将片段固定在flow cell上生成DNA簇,...
insert size|single-read|Paired-end|Mate-pair (测序方面):测三只大熊猫;得到的insert size有150bp,500bp,2kb,5kb和10kb这四种,可测得序列长度和平均reads长度。 为什么average reads这么短? 因为insert size是打断前的长度,打断之后便是reads,这里计算average reads长度。
以solexa为例,对单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)进行介绍。Single-read、Paired-end和Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。 单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段,引物序列连接到DNA片段的一端,然后末端加上接头,将片段固定在flow cell上生成DNA簇,...
Single-read、Paired-end和Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。 单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段,引物序列连接到DNA片段的一端,然后末端加上接头,将片段固定在flow cell上生成DNA簇,上机测序单端读取序列(图1)。 Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上...