单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)的关系,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
高通量测序的方式主要有:单端测序、paired-end/mate-paired(PE/MP)测序。当要进行多 个样品同时测序时可以给不同的样品添加不同接头,混合后一起测序。 其中单端测序就是将 基因组随机打断后,对每个片段的进行测序。该方式建库简单,操作步骤少,常用于小基因 组、转录组、宏基因组测序。 PE/MP 测序也叫双向测序...
Paired-end就是大片段末端测序，将基因组随机打断成固定范围大小（如5k，10k）的片段建成文库，对文库片段的两端进行测序，Paired-end测序有利于拼接，大基因组、转录组的de novo和re-sequencing都要用到。
PE是paired-end双端测序 MP是mate-pair end也是双端测序。PE和MP的建库方式有点不同：PE是DNA直接打断成200-500bp，双端加引物接头，测序。MP是DNA先在2-10kb间选择打断大小，生物素标记成环，打断成400-600bp片段，捕获生物素标记片段，双端加引物接头，测序。
下面以solexa单例,单单端单序(Single-read)和端单序双(Paired- end和Mate-pair)单行介单。Single-read、Paired-end和Mate-pair主要单在单序文区单的建方法上。构单端单序(Single-read)首先将DNA单本单行片段化单理形成200-500bp的片段,引物序列单接到DNA片段的一端,然后末端加上接单,片段固定在将flowcell ...
我的两个植物样,送去做microRNA的illumina HiSeq测序,公司给我送回来的数据是paired-end类型的,每个样品都有两个同样大小的序列文件,分别存储microRNA的序列及其反向互补序列。 现在在前期过滤序列时遇到了问题了,同一个样品的两份数据因为其测序质量不一样,过滤掉的reads就可能不一样。我的问题是后续分析都只需一...
什么是NGS测序的paired end data？在序列拼接的时候有什么用？
计算paired-end测序的insert size 给出的条件为: 参考序列文件: ref.fasta Illumnina paired-end文件: reads1.fq, reads2.fq 1. 结合 Bowtie2,SAMtools 和 Picard的使用来计算insert size 1.1 将paired-end数据比对到参考序列上 $ bowtie2-build ref.fasta ref...
单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)的关系 目前3种测序技术 Roche 454,illumina Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。 在基因组De Novo测序过程中,Roche 454的单端测序读长可以达到400 bp,经常用于基因组骨架的组装,而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap。
Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点,在第一轮测序完成后,去除第一轮测序的模板链,用对读测序模块(Paired-End Module)引导互补链在原位置再生和扩增,以达到第二轮测序所用的模板量,进行第二轮互补链的合成测序。