高通量测序的方式主要有:单端测序、paired-end/mate-paired(PE/MP)测序。当要进行多 个样品同时测序时可以给不同的样品添加不同接头,混合后一起测序。 其中单端测序就是将 基因组随机打断后,对每个片段的进行测序。该方式建库简单,操作步骤少,常用于小基因 组、转录组、宏基因组测序。 PE/MP 测序也叫双向测序...
单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)的关系,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
Paired-end就是大片段末端测序，将基因组随机打断成固定范围大小（如5k，10k）的片段建成文库，对文库片段的两端进行测序，Paired-end测序有利于拼接，大基因组、转录组的de novo和re-sequencing都要用到。
paired-end测序 正常的illumina测序,如图下 mate-paired 测序 先把基因组打成2-10KB的样子,序列比较长,然后双端修复环化,添加生物素,然后在把环化后的基因,打成短序列。然后用链霉素沉淀出含有生物素的序列,后面的步骤和paired-end测序差不多,添加接头去测序,也是双端测序。如图下 测序示意图 优点: 1. 用于de-...
SE是single-end 单端测序 PE是paired-end双端测序 MP是mate-pair end也是双端测序。PE和MP的建库方式有点不同：PE是DNA直接打断成200-500bp，双端加引物接头，测序。MP是DNA先在2-10kb间选择打断大小，生物素标记成环，打断成400-600bp片段，捕获生物素标记片段，双端加引物接头，测序。
下面以solexa单例,单单端单序(Single-read)和端单序双(Paired- end和Mate-pair)单行介单。Single-read、Paired-end和Mate-pair主要单在单序文区单的建方法上。构单端单序(Single-read)首先将DNA单本单行片段化单理形成200-500bp的片段,引物序列单接到DNA片段的一端,然后末端加上接单,片段固定在将flowcell ...
我的两个植物样,送去做microRNA的illumina HiSeq测序,公司给我送回来的数据是paired-end类型的,每个样品都有两个同样大小的序列文件,分别存储microRNA的序列及其反向互补序列。 现在在前期过滤序列时遇到了问题了,同一个样品的两份数据因为其测序质量不一样,过滤掉的reads就可能不一样。我的问题是后续分析都只需一...
什么是NGS测序的paired end data？在序列拼接的时候有什么用？
·END · 热文推荐
液滴配对标记技术为研究疾病和寿命中的基因调控机制增添了一个新的工具,或将在表观遗传学领域得到快速应用。 原文献: https://www.nature.com/articles/s41594-023-01060-1 -end- 加入单细胞行业交流群,请关注公众号回复“进群”