2.、Subreads: Polymerase Read 的序列中,去掉哑铃状的测序接头序列,即可以得到多条subreads 序列。 3、CLR(Standard Sequencing for Continuous Long Reads),称为超长测序模式,插入片段较长,产生的数据是基于单循环测序的结果。 4、 CCS(Circular Consensus Sequence): 环装一致性序列,是一个 Polymerase read 上的...
(Continuous Long Read ,CLR序列不再赘述) 下面的视频简单介绍了Pacbio的测序原理,视频中描述了激光从ZMW的底部照入,ZMW直径远小于激光的波长,激光不能穿过小孔且只能照亮孔底的一小部分区域,因此孔中大部分游离的dNTP的荧光基团将不会被激光激发,只是黑暗中的匆匆过客。在ZMW孔底动弹不得的DNA聚合酶根据碱基互补原...
对长插入片段文库的测序基本是少于2 passes的(pass即环绕测序的次数),得到的reads也称为Continuous Long Reads (CLR),这样的reads测序错误率等同于原始的测序错误率。而对于全长转录组或全长16s测序,构建的文库插入片段较短,测序会产生多个passes,这时会对多个reads进行一致性校正,得到一个唯一的read,也称为Circular...
(1)HiFi(High fidelity reads)模式 -- 较新 (2)CLR(continuous long-read)模式 -- 旧 一、组装 本次组装主要使用 hifiasm,一款专门用于拼接 pacbio hifi 数据的软件 软件链接:https://github.com/chhylp123/hifiasm 组装脚本: #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=30 #PBS -l walltime=999:00:00 cd...
ONT=Oxford Nanopore, CLR=continuous long reads 从下图可以看出使用PacBio CCS reads组装出的contig质量达到Q50的有60%左右。而单独使用Nanopore reads组装的HG001基因组 contig 质量达到Q50 的是0%(没有任何contig 能达到Q50)。 即使使用Nanopore + Illumina 纠错后混装方案达到 Q50 的contig 也只有15%。
(Continuous Long Read ,CLR序列不再赘述) 下面的视频简单介绍了Pacbio的测序原理,视频中描述了激光从ZMW的底部照入,ZMW直径远小于激光的波长,激光不能穿过小孔且只能照亮孔底的一小部分区域,因此孔中大部分游离的dNTP的荧光基团将不会被激光激发,只是黑暗中的匆匆过客。在ZMW孔底动弹不得的DNA聚合酶根据碱基互补原...
CLR (StandardSequencing for Continuous Long Reads),称为超长测序模式,产生的数据是基于单循环测序的结果。CCS (Circular Consensus Sequencing) 会进行多次循环测序,可通过算法将得到的结果互相校正,减少测序中产生的随机错误,得到高准确度的 Hifi reads。
Pacbio Sequel II 平台早期支持CLR(Continuous Long Reads)和CCS(Circular Consensus Sequencing)两种测序方式。 CLR模式适用超长片段文库(> 25 kb),对下机的subreads数据不再进行后续处理,可以直接使用,用作下游分析的原始数据,唯一的缺点就是每条reads准确度低一些。
(default: 10) input_type = raw #input reads type [raw, corrected]. (default: raw) read_type = clr #reads type, clr=PacBio continuous long read, #hifi=PacBio highly accurate long reads, #ont=NanoPore 1D reads. (required) input_fofn = input.fofn #input file, one line one file. ...
(Continuous Long Read ,CLR序列不再赘述) 下面的视频简单介绍了Pacbio的测序原理,视频中描述了激光从ZMW的底部照入,ZMW直径远小于激光的波长,激光不能穿过小孔且只能照亮孔底的一小部分区域,因此孔中大部分游离的dNTP的荧光基团将不会被激光激发,只是黑暗中的匆匆过客。在ZMW孔底动弹不得的DNA聚合酶根据碱基互补原...