-log10 p value-log10 p value 在一篇文章里看到一个表,里面描述了一些特征的数据,每一行的后面都带了个p-value,所以p-value到底是个啥? 首先通过观测值(x)与期望值(y)计算chi-square. 然后查看卡方分布表: α就是p-value,而n叫做自由度。 自由度就是:x的变量数-1,比如x代表性别,性别有2种,那么自由...
-log10 p value=10^3或者=power(10,3) LOG是对数，log(number, base)，比如log(4,2)就是以2为底4的对数。火山图可反映总体基因的表达情况，横坐标代表log2（Fold Change）,纵坐标表示-log10（P值），每个点代表一个基因，颜色用以区分基因是否差异表达，图中橙色的点代表差异表达基因，蓝色的...
p为设置Pvalue值所在的列; snp是设置SNP名称所在的列,但我们输入的是甲基化位点,所以输入甲基化位点就好; col是设置不同染色体的颜色,默认是深灰和浅灰色;chrlabs 设置染色体的标签名; suggestiveline为设置“suggestive”线的阈值,默认为-log10(1e-5); genomewideline为设置“genome-wide significant”线的阈值,...
首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因T检验越显著,所以左上角和右上角的值往往是我们关注的...
-log10(pval)是指将原始的p值取负对数的结果,常用于在统计学中衡量结果的可信度。通常情况下,p值越小,表示结果与零假设的偏离程度越大,即效应越显著。 3. -log10(pval)转化为p值的公式 在进行孟德尔随机化分析时,我们常常需要将-log10(pval)转化为p值。转化的公式如下: p值 = 10^(-(-log10(pval))...
Y轴表示富集出来的GO或者通路名称，挑选富集通路前20或30的通路来绘图；点的大小表示Gene数目，点越大，表示富集到该通路的基因越多；颜色代表P值的高低，-log10(Pvalue)越大，P值越小，表示该通路越显著。11KEGG富集分析结果怎么看？KEGG富集结果与GO结果类似，ID表示KEGG的PATHWAY数据库中途径标识，Description是...
-log10(Pvalue)为火山图的纵坐标,意义如上图。一般P<0.01,-log10(0.01)=2,一般取>2为显著差异 image.png 主成分分析PCA 简单的了解内容 主成分分析,旨在利用降维的思想,把多指标转化为少数几个综合指标(即主成分)。 举个例子:iris数据集里,每1列代表一个指标,4列就是4个指标,如果不进行降维分析的化,我...
纵坐标表示差异的显著性,用-log10 p-value表示,对P值进行-log10的转化,-log10(p-value=0.05)约等于1.30,(-log10(0.01))=2,可知纵轴越往上走P值越小,而P值越小表示越显著。所以我们进行-log10(p -value)转化后,值越大就表示差异越显著。图2结果解读:上图以|logFC|=0.606且p-value=0.05为截断标准...
在上面这个图中,横轴是log2(FC),纵轴是-log10(P value),每个点代表一个检测物,若研究代谢物升高或下降,可以0为基线,正值为红色(上升),负值为蓝色(下降);当然,如果是基因测序的话可选X=1和X=-1两条线做参考。 三条参考线,(1). X=-1 左侧的点表示下调2倍以上;(2). X=1 右侧的点表示上调2倍以上...