例1. 不同品种代谢产物OPLS-DA loading plot1 image OPLS-DA loading plots for different mulberry cultivars The metabolites with loadings that were distant from the origin on the OPLS-DA-loading plots were inferred to make the greatest contribution to class separation. Organic acids, lipids, and fla...
head(sacurine.plsda@scoreMN) #例如,样本在 PLS-DA 轴上的位置 head(sacurine.plsda@loadingMN) #例如,代谢物在 PLS-DA 轴上的位置 #默认 plot() 作图,如查看样本差异以及帮助寻找重要的代谢物 par(mfrow = c(1, 2)) plot(sacurine.plsda, typeVc = 'x-score', parAsColFcVn = sacurine$sample...
OPLS-DA score and loading S-plot of the HR-MAS MR spectra for differentiating pCR from non-pCR.Ji, Soo ChoiHyeonMan, BaekSuhkmann, KimMin, Jung KimJi, Hyun YoukHee, Jung MoonEunKyung, KimYoun, Ki Nam
为“score_orthoScoreMN_plot.pdf”图像的绘图来源数据。 可视化:根据建模结果,绘制图形。可用于对模型的评价,以及后续结果的分析研究。 oplsda.pdf:包含四张分面图形; (左上)惯量柱形图:展示累计解释率,评估正交组分是否足够。 (右上)显著性判断:实际以及模拟的R2Y和Q2Y值随机排列后的散点图,如散点大于横线,...
载荷图(loading plot)的横坐标代表每个物质在第一主成分上的载荷大小(cosα),纵坐标代表每个物质在第二主成分上的载荷大小(cosβ) 置换检验的横坐标代表随机分组的Y与原始分组Y的相关性,纵坐标代表R2和Q2的得分。 S-plot的横坐标代表每个物质在第一主成分上的载荷大小(cosα),纵坐标代表每个物质和第一主成分相...
离群点展示(左下) ：通过scoreMN和loadingMN计算出各样本在投影平面及正交平面的坐标，并标明相互差异较大的样本。x-score plot(右下) ：各样本在PLS-DA轴中的坐标；R2X、R2Y等值展示在下方，用于评估模型优度：与其说是可视化方法，不如称为数据提取章节。通过变量投影重要度(Variable Importance for...
16:17:23 我可以帮你解释，留个信息我加你 同求指导，1053209041，我扣扣号，看到后麻烦指导下。
Metaboanalyst做oplsda图查看方法：1、连续型变量指的是有平均值和标准差的，如临床上的某些量表，以6.5±2.1这样的形式呈现;二分类变量是表现百分率，如临床上的有效率，10个人里面6个人有效。2、他们有各自的输入方式和效应值，但总体来说大同小异。我们把纳入文献的原始数据输入到Excel里，然后简单...
head(sacurine.pca@loadingMN) #例如,提取变量得分(各代谢物在 PCA 轴中的排序坐标) 1. 2. 3. 4. 5. #如在排序图中根据个体属性(性别、年龄等)给样本上色 par(mfrow = c(1, 2)) plot(sacurine.pca, typeVc = 'x-score', parAsColFcVn = sacurine$sampleMetadata[, 'gender']) ...
离群点展示(左下) :通过scoreMN和loadingMN计算出各样本在投影平面及正交平面的坐标,并标明相互差异较大的样本。 x-score plot(右下) :各样本在PLS-DA轴中的坐标;R2X、R2Y等值展示在下方,用于评估模型优度: 与其说是可视化方法,不如称为数据提取章节。 通过变量投影重要度(Variable Importance for the Project...