③如何利用置换检验结果来评估OPLS-DA模型在OPLS-DA模型中，置换检验发挥着关键作用。它涉及随机打乱实验组和对照组的分组标签（Y变量），并多次（通常为n=200次）构建相应的OPLS-DA模型，以获取随机模型的R2X、R2Y和Q2值。其中，Q2值反映了模型对数据方差的预测能力，即预测率，其值越大，模型的预测能力越强。...
在构建了OPLS-DA模型之后，我们可以进一步通过绘制评分图来直观地了解不同类别在潜在变量空间中的分布情况。这里，我们使用plot函数来绘制评分图，其中typeVc参数设置为"x-score"，表示我们希望绘制的是X-score的评分图。该图直观地展示了不同分类标签在低维空间中的分布情况，从而便于我们观察类别间的分离程度。模型评...
在使用OPLS-DA(正交偏最小二乘判别分析)模型进行置换检验(Permutation Test)时,为了避免过拟合,关键指标是模型的预测能力(Q2值)与置换测试中生成的Q2值的分布。具体来说: 原始模型的Q2值应显著高于置换后的Q2值分布。这意味着,原始数据的模型拟合效果应显著好于随机排列(置换)的数据模型效果。在置换检验图中,原始...
博主你好,我想问一下为什么我的SIMCA 13.0做不了opls-da的置换检验,而pls-da的置换检验可以做。就是按钮是灰色的按不下去 1 天南星7788 2022年6月22日 Q2越大表示模型的预测能力越好。对于生物学样本,Q2≥0.4是比较理想的【2】 我无法在您提供的文献中找到这个答案 1 菜鸟博士_杂货铺 UP :有置换检验...
因此对于有监督的分类模型，我们需要验证模型的可靠性，这时候就需要OPLS-DA 置换检验出场了。什么是置换检验呢？置换检验是Fisher于20世纪30年代提出的一种基于大量计算（computationally intensive），利用样本数据的全（或随机）排列，进行统计推断的方法，因其对总体分布自由，应用较为广泛，特别适用于总体分布未知的小...
在OPLS-DA中,R2值衡量模型对数据变异性的解释程度。一个R2值为0.93意味着模型能够解释数据93%的变异性。这通常被认为是一个很高的值,暗示模型拥有很好的解释能力。 在做置换检验(permutation test)时,通常会生成一个模型参数(如R2或Q2)与随机置换次数的关系图。在这种情况下,如果斜率是负的,它可能指的是随着置换...
对于OPLS-DA分析来说,置换检验针对的就是实验组和对照组,置换检验模型是随机打乱实验组和对照组的分组标签(Y变量),多次(一般次数 n = 200)建立对应的 OPLS-DA 模型以获取随机模型的R 2Y 和 Q2 值,其中Q2值表示当前模型可对数据方差进行预测的比例,即预测率,该值越大表示该模型的预测能力越优;R2Y值为模型的...
OPLS-DA(正交偏最小二乘判别分析)是一种用于多变量分类和特征选择的统计方法,尤其适用于代谢组学等组学研究中的差异变量筛选。其核心是通
对于OPLS-DA分析来说,置换检验针对的就是实验组和对照组,置换检验模型是随机打乱实验组和对照组的分组标签(Y变量),多次(一般次数 n = 200)建立对应的 OPLS-DA 模型以获取随机模型的R 2Y 和 Q2 值,其中Q2值表示当前模型可对数据方差进行预测的比例,即预测...
OPLS-DA通常用于两组样本间的对比,寻找差异代谢物。它通过最大化组间差异和最小化组内差异来提高模型的预测能力。 图2 OPLS-DA得分图 三、模型评估 ORIGINGENE 为了避免有监督模型发生过拟合,通常会采用置换检验(Permutation test)对PLS-DA和OPLS-DA模型进行检验,以保证模型的有效性。关于置换检验的详解可参考往期...