在使用OPLS-DA(正交偏最小二乘判别分析)模型进行置换检验(Permutation Test)时,为了避免过拟合,关键指标是模型的预测能力(Q2值)与置换测试中生成的Q2值的分布。具体来说: 原始模型的Q2值应显著高于置换后的Q2值分布。这意味着,原始数据的模型拟合效果应显著好于随机排列(置换)的数据模型效果。在置换检验图中,原始...
综上所述，图中的横坐标代表置换保留度，当置换保留度为1时，即代表原OPLS-DA模型的真实R2Y和Q2值（图中右上方的两个点）。图中的两条虚线分别描绘了R2Y和Q2的回归线。观察这些线条，我们可以发现，随着置换保留度的逐渐降低，R2Y和Q2的值也呈现下降趋势，而且回归线呈现出向上的倾斜，这表明置换检验的结果是...
虽然相对于PCA，OPLS-DA分析可以更大限度的展示组间差异，但是有监督的分类模型缺点是可能会出现过拟合（over-fitting）现象，即模型可以很好地将样本进行区分，但用来预测新的样本集时却表现很差。因此对于有监督的分类模型，我们需要验证模型的可靠性，这时候就需要OPLS-DA 置换检验出场了。什么是置换检验呢？置换...
对于OPLS-DA分析来说,置换检验针对的就是实验组和对照组,置换检验模型是随机打乱实验组和对照组的分组标签(Y变量),多次(一般次数 n = 200)建立对应的 OPLS-DA 模型以获取随机模型的R 2Y 和 Q2 值,其中Q2值表示当前模型可对数据方差进行预测的比例,即预测...
OPLS-DA 模型的置换检验图 该图中的横坐标表示置换保留度,就是与原模型Y变量顺序一致的比例,若置换保留度为1,即为原OPLS-DA模型的R2和Q2。纵坐标表示 R2Y 或 Q2 的取值,两条虚线分别表示 R2Y 和 Q2 的回归线。如果随着置换保留度的下降,R2和Q2下降,回归线呈向上的趋势,说明置换检验过关,模型不存在过拟合...
对于OPLS-DA分析来说,置换检验针对的就是实验组和对照组,置换检验模型是随机打乱实验组和对照组的分组标签(Y变量),多次(一般次数 n = 200)建立对应的 OPLS-DA 模型以获取随机模型的R 2Y 和 Q2 值,其中Q2值表示当前模型可对数据方差进行预测的比例,即预测率,该值越大表示该模型的预测能力越优;R2Y值为模型的...
05就很好了。所以可以看出图2的置换检验结果also good，但不是很理想，有一定的过拟合，要警惕结果的假阳性。总结一下，OPLS-DA模型不能只看得分图能不能分开，而是要看R2Y和Q2Y的得分值以及外部检验的结果是否通过。可以说，写文章时如果只秀能分开的得分图，不展示得分值和检验结果，那是赤裸裸的耍流氓。
所以可以看出图2的置换检验结果also good,但不是很理想,有一定的过拟合,要警惕结果的假阳性。 总结一下,OPLS-DA模型不能只看得分图能不能分开,而是要看R2Y和Q2Y的得分值以及外部检验的结果是否通过。可以说,写文章时如果只秀能分开的得分图,不展示得分值和检验结果,那是赤裸裸的耍流氓。
OPLS-DA通常用于两组样本间的对比,寻找差异代谢物。它通过最大化组间差异和最小化组内差异来提高模型的预测能力。 图2 OPLS-DA得分图 三、模型评估 ORIGINGENE 为了避免有监督模型发生过拟合,通常会采用置换检验(Permutation test)对PLS-DA和OPLS-DA模型进行检验,以保证模型的有效性。关于置换检验的详解可参考往期...
在OPLS-DA中,R2值衡量模型对数据变异性的解释程度。一个R2值为0.93意味着模型能够解释数据93%的变异性。这通常被认为是一个很高的值,暗示模型拥有很好的解释能力。 在做置换检验(permutation test)时,通常会生成一个模型参数(如R2或Q2)与随机置换次数的关系图。在这种情况下,如果斜率是负的,它可能指的是随着置换...