在大多数模拟中,用nvt或者npt都可以。 以拉伸为例,使用deform进行拉伸,系综可以为nvt,也可以为npt,不过在npt下更有容易模拟泊松效应。 使用velocity方式进行拉伸,在拉伸方向只能为s边界,使用nvt系综更方便。 nvt和npt系综也可以配合使用,比如,对于比较复杂的模型,可以先进行nvt系综下弛豫,然后再进行npt系综下的弛豫。
在nvt系综下驰豫,box体积保持不变,原子在力的作用下抱团收缩,原子之间的距离变小,原子总体积小于box体积,从而产生空洞。 这种情况下就不能再用nvt进行驰豫。 npt系综根据原子总体积的变化自动调整box的尺寸,比较适合当前的体系,于是把nvt改为npt。 在npt下驰豫后发现合金在开始阶段有比较大的收缩,收缩之后空洞消失,...
ndx以及gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -r nvt.gro -p topol.top -o npt....
在nvt系综下驰豫,box体积保持不变,原子在力的作用下抱团收缩,原子之间的距离变小,原子总体积小于box体积,从而产生空洞。 这种情况下就不能再用nvt进行驰豫。 npt系综根据原子总体积的变化自动调整box的尺寸,比较适合当前的体系,于是把nvt改为npt。 在npt下驰豫后发现合金在开始阶段有比较大的收缩,收缩之后空洞消失,...
分子动力学 nvtnpt先后顺序 1. 初始化系统 在进行分子动力学模拟之前,首先需要初始化系统。这包括确定模拟的分子体系、定义分子的初始位置和速度、设置模拟的时间步长等。通过合理的初始化,可以使模拟系统更加接近实际情况,提高模拟结果的可靠性。 2. 纳入外部场 在分子动力学模拟中,我们可以通过纳入外部场来模拟分子...
npt系综根据原子总体积的变化自动调整box的尺寸,比较适合当前的体系,于是把nvt改为npt。 在npt下驰豫后发现合金在开始阶段有比较大的收缩,收缩之后空洞消失,得到比较致密的合金组织,完美解决问题。 多数情况下,用nvt系综进行驰豫即可,但部分体积变化比较大的体系,用npt系综进行驰豫效果会更好。
1)Nose-Hoosver控压机制: fix npt command 2)Berendsen控压机制:fix press/berendsen command 第二种方式同样需要配合fix nve command或fix nvt command进行时间积分。值得注意的是,fix npt是对整个盒子进行设置,不能单独对部分原子设置,而且必须在具有周期性边界的方向才可以进行控压。
1)Nose-Hoosver控压机制: fix npt command 2)Berendsen控压机制:fix press/berendsen command 第二种方式同样需要配合fix nve command或fix nvt command进行时间积分。值得注意的是,fix npt是对整个盒子进行设置,不能单独对部分原子设置,而且必须在具有周期性边界的方向才可以进行控压。
npt系综语法与nvt相似，额外包含Pstart、Pstop、Pdamp参数控制压力，Pdamp通常设置为1000*timestep。npt在控制压力方向上需保证边界条件为p。4. 选择依据 选择系综取决于模拟体系和目的。nve系综适用于不需要控温、体系内能量相互转换的模拟，如石墨烯卷曲。nvt或npt系综在大多数模拟中应用广泛。以拉伸为例...
NVT显然是等温等容（正则）系综，NPT是等温等压系综。和nvt.mdp中的gen_vel，gen_temp，gen_seed参数...