若无特殊情况，直接跑NPT，没必要经过NVT
NVT显然是等温等容（正则）系综，NPT是等温等压系综。和nvt.mdp中的gen_vel，gen_temp，gen_seed参数...
后没有产生ions.tpr文件,出现如图的报错,是哪里出问题了呢
这个并不是从初始温度到目标温度的时间步数目的数值。具体见lammps使用手册中fix npt命令的说明。
水箱+研究体系）突然缩小。关于类似的问题，有人说可以先跑NVT，然后再跑NPT。
在每个温度, 100ps NPT MD模仿进行了以恒定的压力(1bar)以时间步进值1fs。在5圈子焖火以后, 100ps NVT MD模仿被执行了在恒定的容量,并且250ps NPT MD模仿在1bar和298K.Trajectories被保存了每1ps,并且最后的50ps配置为分析使用了。 在整体模仿过程期间,温度和压力由Berendsen方法(39)维护。指南针(40,41个)...
“不要以为和你关系好的人就会善待你,人心经不起揣测,保持分寸,时常理性,熟人有时候比陌生人还可怕!” û收藏 18 1 ñ57 评论 o p 同时转发到我的微博 按热度 按时间 正在加载,请稍候... 情感博主 查看更多 a 220关注 262.4万粉丝 60843微博 微关系 她的关注(219) ...
蛋白配体复合物动力学模拟(三)NVT、NPT平衡和动力学模拟 up,我想问问输入 后没有产生ions.tpr文件,出现如图的报错,是哪里出问题了呢
水箱+研究体系）突然缩小。关于类似的问题，有人说可以先跑NVT，然后再跑NPT。
然后将nvt.mdp npt.mdp md.mdp的ref_t部分改成了255 K，开始模拟。根据模拟过程中相应的notes和...