NCBI的nr数据库是指"非冗余蛋白质数据库"(Non-redundant protein database),它是国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)维护的一个重要的生物信息资源。nr数据库是一个包含了已知蛋白质序列的集合,这些蛋白质来自各种不同的物种,包括动物、植物、微生物等。 2. nr数据库的作用是什...
图数据库(Graph Database):以图的形式存储数据,适用于处理复杂的关系网络,如Neo4j、ArangoDB等。 非关系型数据库有哪些优势和适用场景? 非关系型数据库相对于关系型数据库具有一些优势,适用于以下场景: 大数据存储和处理:非关系型数据库通常具有良好的可扩展性和高性能,适合处理大规模数据。 高并发读写:非关系型数...
Nr数据库,全称为Non-RedundantProtein Sequence Database,即包含了GenPept、Swissprot、PIR、PDF、PDB以及RefSeq Database中序列的蛋白质数据库。 (1)数据库下载 个人将下载方式分为图形界面下载和命令行方式下载。 需要使用的软件安装: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制Cloud Studio 代码运行 # blast wget ht...
01NR/NT数据库 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列,对于所有已知的或可能的编码序列,NR记录中都给出了相应的氨基酸序列(通过已知或可能的读码框推断而来)以及专门蛋白数据库中的序列号。NR库相当于一个以核酸序列为基础的交叉索引,将核酸数据和...
01非冗余蛋白质序列数据库(Non-Redundant Protein Sequence Database, NR)注释NR数据库是美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）维护的一个用于存储和提供蛋白质序列信息的数据库。它包括了GenBank基因的蛋白编码序列，PDB（Protein Data Bank）蛋白数据库、SwissProt蛋白序列以及...
1.准备本地数据库文件NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列。Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋 数据库 库文件
NR库相当于一个以核酸序列为基础的交叉索引,将核酸数据和蛋白数据联系起来。NT(Nucleotide Sequence Database),核酸序列数据库,是NR库的子集。 NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接...
1.准备本地数据库文件NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列。Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋 数据库 库文件
NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列。Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。NR和Taxonomy数据库都是NCBI的子数据库,会提供比较全面的对应关系。在本地数据库按物种拆分的...
IntegratednrDatabaseinProteinAnnotationSystem andItsLocalization DENGYangyang1,LIJianqi2,WUSongfeng2,ZHUYunping2,CHENYaowen1,HEFuchu2 (1.LaboratoryofArtificialIntelligenceandPatternRecognize,ShantouUniversity,Shantou515063; 2.LaboratoryofSystemBiology,BeijingInstituteofRadiationMedicine,Beijing100850) ...