NR数据库是指非冗余数据库(Non-redundant Database),它主要用于生物信息学和基因组学研究。NR数据库的核心特点是:去除冗余、提供高质量的非冗余数据、提高数据检索效率、支持多种生物信息学分析。去除冗余是NR数据库最显著的特点,通过删除重复的序列信息,确保数据的唯一性和准确性。这不仅减少了数据存储的空间,还提高...
使用blastdbcmd命令，指定数据库为/data/lgb/db/ncbi_nr/nr，数据库类型为蛋白质数据库（prot），并提取所有条目。输出格式设置为"%f"，即fasta格式，并将输出重定向到nr.fa.gz文件中，通过gzip进行压缩。这一步的目的是获取适用于后续分析的格式化nr fasta文件。2. 分割 acc.txt 文件 将acc.txt文件按照每2000...
windows平台本地化blast2.8.0(构建NR本地数据库,批量生成pssm打分矩阵),程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
blast+: ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl blast db:ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl README:ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl 通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 File NameContent Description nr.gz* non-redundant protein sequence database with entries from GenPept...
nr库:nucleotide sequence database, with entries from all traditional divisions of GenBank, EMBL, and DDBJ excluding bulk divisions (gss, sts, pat, est, and htg divisions. wgs entries are also excluded. Not non-redundant. 那么nr数据库到底算是核酸还是蛋白的数据库呢? 从blast官网给出的上面的截...
Top-hit species distribution in the BLASTx analysis against the nr database.Camila Campos MantelloClaudio Benicio CardosoSilvaCarla Cristina da SilvaLivia Moura de SouzaErivaldo José Scaloppi JuniorPaulo de Souza GonçalvesRenato VicentiniAnete Pereira de Souza...
我们需要对自己的基因做注释,需要blast同源比对NCBI当中的NR NT库;通常做无参转录组,会组织出10几万的unigene ,如果比对全库的话,就太浪费时间了,我们可以根据NCBI的分类数据库将数据库分开,可下载如下文件,然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库: ...
NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列。Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。NR和Taxonomy数据库都是NCBI的子数据库,会提供比较全面的对应关系。在本地数据库按物种拆分的...
NCBI的nr数据库是指"非冗余蛋白质数据库"(Non-redundant protein database),它是国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)维护的一个重要的生物信息资源。nr数据库是一个包含了已知蛋白质序列的集合,这些蛋白质来自各种不同的物种,包括动物、植物、微生物等。
目录1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗...