1. 起因 之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法,只有4个python命令行,就跟Linux下面的lsgrep一样的。然鹅,有几个小伙伴不会命令行,所以我决定再改写一下,把命令行都放到R下面运行。 2. 尝试 2.1 一开始,我的想法是教大家在R里面调用python,需要提前下载好anaconda...
示例代码有一些参数用变量替代,如果大家做过单细胞,应该都很容易理解。 好了,我们的第二部分,NMF and harmony 前段时间有位朋友说NMF和harmony能不能联合使用,答案是可以的,这里展示一下示例代码,但是大家要知道哪些单细胞处理的分析软件用到了NMF,当然,我们分析一般使用基础的NMF包就可以了,我们先来看看NMF如何与...
nmf单细胞代码NMF(Nonnegative Matrix Factorization)是一种常用于单细胞数据分析的方法,用于对基因表达数据矩阵进行降维和可视化。下面是一个使用Python和scikit-learn库实现NMF的单细胞代码示例,其中包含对1500字的分析和解释。 ```python import numpy as np from sklearn.decomposition import NMF import matplotlib....
论文摘要 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)技术的快速发展,开发了多种计算模型,以检测转录一致性的算法。虽然检测异构性的算法的复杂性有所增加,但大多数算法需要用户调试,严重依赖于降维技术,并且不能扩展到超大型数据集。作者描述了一种多步骤算法,迭代聚类和基因选择(ICGS),它应用基因内相关性和杂交聚类,从一个直观的图...
事实上,正如我们在下面的模拟中所展示的,首先将所有肿瘤中的恶性细胞的表达数据结合起来,然后应用现成的统计方法(例如,非负矩阵分解(NMF)7)的综合分析,往往会识别出患者特异性的基因表达模式,但常常忽略了共享的基因表达模式。 此外,由于个别单细胞RNA测序研究中肿瘤数量通常较少,多研究的联合分析可能是可取的,但这...
之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法,只有4个python命令行,就跟Linux下面的ls grep一样的。然鹅,有几个小伙伴不会命令行,所以我决定再改写一下,把命令行都放到R下面运行。 2. 尝试 2.1 一开始,我的想法是教大家在R里面调用python,需要提前下载好anaconda和一些pyt...
隔离的第八天,孤独的情绪渐渐消散了,音乐,朋友,亲情,还有游戏,果然让心情会变好很多,有位圣贤说过,其实人过的快不快乐,并不是说我们拥有了房子,车子,还有和喜欢的姑娘在一起,而是良好的人际关系,好了,这一篇我来详细分享一下harmony的各种用法,包括harmony与Seurat 的联合使用,harmony与NMF的联合使用,以及python版...
单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示 本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供处理好的测试数据,以及所有代码,一共6个脚本(我目前写得最详细的教程,也是全网...
为了让更多的研究者了解单细胞测序数据挖掘的常用套路以及单细胞常用数据分析软件的使用特举办单细胞测序数据挖掘与课题设计学习班。 课程目标 1、了解单细胞测序基本概念及原理 2、了解单细胞测序分析的常用软件 3、掌握单细胞测序数据的下载方法4、掌握单细胞测序数据的研究思路 5、学会R语言基本语法和绘图技巧 6、...
非负矩阵分解(NMF)和一致性聚类(ConsensusClusterPlus)是两种常用的聚类和模式识别方法,它们在算法原理、使用场景和结果解读上都有相似和不同之处。这两种代码流程已经被诸多老师所解析和展示,本次也是跟着老师们发布在网上的流程进行练习和整理。 非负矩阵分解和一致性聚类的异同点 ...