单细胞天地: https://mp.weixin.qq.com/s/-sdYyBG_zB6Lhi9vHkpKBw 笔者之前也写过一个帖子,有兴趣的朋友可以点击去看一看~ https://mp.weixin.qq.com/s/3zySnfkflHfitqh4p4chsQ 接下来笔者会根据个人理解,将非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization,NMF)、一致性聚类(consensus clustering)、主成...
单细胞天地: mp.weixin.qq.com/s/-sdY 笔者之前也写过一个帖子,有兴趣的朋友可以点击去看一看~ mp.weixin.qq.com/s/3zyS 接下来笔者会根据个人理解,将非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization,NMF)、一致性聚类(consensus clustering)、主成分分析(Principal Component Analysis,PCA) 做一个的类比解释。
示例代码有一些参数用变量替代,如果大家做过单细胞,应该都很容易理解。 好了,我们的第二部分,NMF and harmony 前段时间有位朋友说NMF和harmony能不能联合使用,答案是可以的,这里展示一下示例代码,但是大家要知道哪些单细胞处理的分析软件用到了NMF,当然,我们分析一般使用基础的NMF包就可以了,我们先来看看NMF如何与...
在输入单细胞基因表达量矩阵后,SCENIC经过以下三个步骤完成转录因子分析: 第一步,GENIE3(随机森林)/GRNBoost (Gradient Boosting) 推断转录因子与候选靶基因之间的共表达模块,每个模块包含一个转录因子及其靶基因,纯粹基于共表达; 第二步,RcisTatget分析每个共表达模块中的基因,以鉴定enriched motifs,仅保留TF motif...
keyword=python&from_source=nav_suggest_new&order=dm&duration=0&tids_1=0 当然了,如果你做生信的要学习python,我觉得这个单细胞项目的代码,就非常值得你试试看! 如果你下载这20G的单细胞全部文件代码很困难,我也提供了仅仅是代码的打包文件:/mSLJxVcm 希望你学的开心...
但是代码文件里面有非常信息的全部单细胞数据分析图表: 不过是python的jupyter notebook文件,会python的朋友肯定不怕啦! pip install jupyter notebook # 启动Jupyter notebook jupyter notebook 全部的文献图表目录如下: Part 1 simulations Step 0. Estimate the simulation parameters ...
scran包:单细胞细胞周期分析 CytoTRACE进行拟时间分析,基因表达量随PC1轴的变化 Diffusion Pseudotime Analysis diffusion component Monocle2 和Monocle3系统讲解【Nature】,TCSeq分析基因随时间的变化【PNAS】 NMF鉴定不同的生物学功能【Cell】,不同cluster的异质性确定【Cancer Cell】 ...
1. 起因之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法,只有4个python命令行,就跟Linux下面的ls grep一样的。然鹅,有几个小伙伴不会命令行,所以我决定再改写一下,把命令行都放到R下面运行。2. 尝试2.1 一开始,我的想法是教大家在R里面调用python,需要提前下载好anaconda和...
示例代码有一些参数用变量替代,如果大家做过单细胞,应该都很容易理解。 好了,我们的第二部分,NMF and harmony 前段时间有位朋友说NMF和harmony能不能联合使用,答案是可以的,这里展示一下示例代码,但是大家要知道哪些单细胞处理的分析软件用到了NMF,当然,我们分析一般使用基础的NMF包就可以了,我们先来看看NMF如何与...
玩转单细胞(1):玩转单细胞---提取特定基因表达的细胞群分析(一个小问题) 玩转单细胞(2):Seurat批量做图修饰 玩转单细胞(3):堆叠柱状图添加比例 玩转单细胞(4):单细胞相关性 玩转单细胞(5):单细胞UMAP图只标记特定细胞群、圈定细胞群及坐标轴修改