# 下载流程git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git 下载本地化镜像,并将设置镜像地址 # 在相同目录下,需在联网环境下 nf-core download --outdirsingularity/ --parallel-downloads 10 --container-system singularity rnaseq # 会跳出几个选项,选择默认的就行 # 设置镜像地址 export NXF_SINGULARI...
nextflow run nf-core/rnaseq \ --input samplesheet.csv \ --genome GRCh37 \ -profile <docker/singularity/podman/conda/institute> 真正可运行的脚本,需要设置以下多种参数 # 首先我们切换到输出目录 cd /public/home/rnaseq # 这个 alias 命令很重要,因为官方的 pipeline 里找不到 hisat2_extract_splice...
nf-core download nf-core/rnaseq tar-zxvf nf-core-rnaseq-3.4.tar.gz 此时我们可以通过nextflow运行这个安装包: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 nextflow run nf-core-rnaseq-3.6/workflow/\# 格式就是nextflow run <下载好的nf-core-rnaseq文件夹下workflow文件夹的目录> --input samplesheet.csv ...
nf-core:基于Nextflow开发的生信流程 之前文章介绍了Nextflow:《Nextflow-完整pipeline编写执行利器》,nf-core就是基于Nextflow开发的一个生物信息平台,包含如:scRNA-seq、RNA-seq、Hi-C、ATAC-seq、ChIP-seq等流程,每种流程都配有相应的文档和示例: 目前截止2020年11月,共有发布版本26个,开发中的流程15个,归档4个...
nf-core download nf-core/rnaseq 加入--singularity,可以获取 Singularity container 什么是Singularity ?https://singularity.lbl.gov/ 下载下来会是一个安装包,解压即可 运行该流程,nextflow run <directory> https://nf-co.re/tools#downloading-pipelines-for-offline-use ...
working with gene panels or single genes (e.g., NF1) in the nf-core/rnaseq pipeline #1472 openedDec 18, 2024byhuma1995 1 Unify SummarizedExperiment outputenhancement #1465 openedDec 10, 2024bygrst 2 ERROR Not able to pull image of ('biocontainers/bioconductor-tximeta:1.20.1--r43hdfd...
于是,NF-core应运而生。NF-core是利用Nextflow开发的生物流程共享中心,汇聚了众多优秀生物信息分析流程。目前,已经有81个涵盖多个生物信息领域的优秀流程,其中最经典的莫过于RNAseq。📊每个流程都配备了详细的介绍,包括简介、文档、结果展示以及选项参数。有些流程甚至还提供了视频讲解,是学习生物信息学的宝贵资源。
nf-core/rnafusion was written by Martin Proks (@matq007), Maxime Garcia (@maxulysse) and Annick Renevey (@rannick) We thank the following people for their help in the development of this pipeline: Phil Ewels Rickard Hammarén Alexander Peltzer ...
第一次使用一个流程,会调用nf-core/rnaseq/environment.yml 文件配置一个独立的conda环境(nf-core-rnaseq),安装一系列软件,如下: # You can use this file to create a conda environment for this pipeline: # conda env create -f environment.yml ...
第一次使用一个流程,会调用nf-core/rnaseq/environment.yml 文件配置一个独立的conda环境(nf-core-rnaseq),安装一系列软件,如下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # You can usethisfile to create a conda environmentforthispipeline:# conda env create-f environment.ymlname:nf-core-rn...