槽点一:过度包装,徒增复杂性 我们就以其官网提供的核心流程 RNA-seq 为例,来看看这东西到底有多复杂。下面是流程目录。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 rnaseq/├── assets ├── bin ├──CHANGELOG.md ├──CITATIONS.md ├──CODE_OF_CONDUCT.md ├── conf ├── docs ...
tar-zxvf nf-core-rnaseq-3.4.tar.gz 此时我们可以通过nextflow运行这个安装包: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 nextflow run nf-core-rnaseq-3.6/workflow/\# 格式就是nextflow run <下载好的nf-core-rnaseq文件夹下workflow文件夹的目录> --input samplesheet.csv \# 就是上一步我们用python脚本生成...
问RNA-seq示例工作流中的nextflow .collect()方法ENcollect：收集器 Collector作为collect方法的参数 Collec...
align流程使用Docker中的bowtie2工具进行比对,将比对结果输出为aligned.bam文件。count流程使用Docker中的HTSeq工具进行基因计数,将计数结果输出为gene_counts.txt文件。 运行流程 现在我们可以使用Nextflow来运行流程。在命令行中输入以下命令: AI检测代码解析 nextflow run rna_seq.nf --input input.fastq 1. 其中,-...
RNA-Seq管道概念的证明,旨在显示Nextflow脚本和可重复性功能。 如何执行 在您的计算机上安装Docker。 在此处了解更多信息 安装Nextflow(版本20.01.0或更高版本) curl -fsSL get.nextflow.io | bash 提取所需的Docker映像,如下所示: docker pull nextflow/rnatoy:1.3 启动管道执行: nextflow run nextflow-io/rnatoy...
RNASeq-NF execution relies onNextflowframework which provides an abstraction between the pipeline functional logic and the underlying processing system. This allows the execution of the pipeline in a single computer or in a HPC cluster without modifying it. ...
This page should also include the new RNAseq course https://training.nextflow.io/latest/nf4_science/Activity vdauweraadded nf4 science on Mar 9, 2025 vdauweramentioned this on Mar 9, 2025 Add RNAseq to NF4 Science index #551 vdauweraclosed this as completedon Mar 9, 2025 vdauwera ...
nextflow run nf-core/rnaseq \ -profile docker \ --genome GRCh37 \ --reads "data/*_{R1,R2}.fastq.gz" # 安装nf-core pip install nf-core # 查看nf-core已有流程或者最新可用版本 nf-core list # 命令 nf-core list :列出可用pipeline ...
RNAflow-使用Nextflow的有效且简单的RNA-Seq差异基因表达管道 图1.工作流程。 用户可以在预处理后决定运行差异基因表达(DEG)分析或转录组装配。 圆圈表示输入数据,下载图标表示资源的自动下载。 星号标记的步骤目前仅适用于某些物种。 请参阅以获取有关所用工具的参考列表,并请考虑也将其引用。 目录 致电帮助 更新...
nf-core / rnaseq Star 1k Code Issues Pull requests RNA sequencing analysis pipeline using STAR, RSEM, HISAT2 or Salmon with gene/isoform counts and extensive quality control. workflow rna-seq pipeline nextflow rna nf-core Updated Mar 26, 2025 Nextflow nextflow-io / awesome-nextflow Star...