首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p21,由于该SNP在2号染色体上,因为我们也写为2p21
进入NCBI网站 在SNP的搜索框中输入SNP位点,比如“rs52811957” 在弹出的对话框中选择“Gene View” 进入以后会显示该变异相邻SNP、原始氨基酸、变异后的氨基酸、position等
该基因的转录本信息,SNP信息 基因在各组织中表达情况 该基因文献情况 中间省略很多其他的相关信息 下面是基因的序列信息 其中1.2.3等分别代表的为基因的不同转录本,mRNA我们一般重点关注NM开头的,非编码RNA一般会以NR开头,XM为生物信息预测的转录本信息。 有时文章中还会提到用到的相关自己提交到数据库中的序列。
2019-12-11 21:21 −最近有需求,对WGS测序获得SNP信息进行筛减,可问题是测序个体少,call rate,maf,hwe,等条件过滤后,snp数量还是千万级别,所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记。工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017)一、格式转换首先将... ...
进入NCBI主页面,在“search”选项中选择“taxonomy”,输入“Arabidopsis”,点击查找。 >>第二步 选择“Arabidopsis”。 >>第三步 然后,就可以得到所查找物种的近源物种了,在这个结果里,还可以查看各个物种的基因、基因组、蛋白和snp等的注释情况。 >>第四步 点击链接可以进一步了解各个近源物种的详细信息。©...
RT 如何将新发现的SNP上传到NCBI dbSNP database 我在NCBI官网上看到http://www.ncbi.nlm.nih.gov/...
基因的所有已知SNP。 使用dbSNP数据库:除了NCBI的主数据库外,NCBI还维护了一个专门的SNP数据库,称为dbSNP。你可以在dbSNP数据库中直接搜索特... 如何把SNP对到基因上,如何找基因内的SNP 可以通过SNP的rs号、基因名或其他相关信息进行搜索,找到SNP在基因中的具体位置。 生物信息学工具查询 许多生物信息学工具可以用...
怎么用NCBI 一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等 最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下...
NCBI上查看SNP位点在哪个基因座上(locus) 首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p21,由于该SNP在2号染色体上,因为我们也写为2p21...
如果你要做一个基因的关联研究,该基因上有30个SNP位点,首先你看看有没有可能挑选tagSNP,如果挑选8个位点就能代表这30个位点,那你当然可以做了。如果要15个才可以,你又没有高通量的基因分型平台可以用,我想你肯定就不会选tagSNP了。这时候你怎么办,赌一把吧,随便挑几个。聪明一点的赌法是先预测一下,挑几...