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新冠病毒(SARS-CoV-2)基因组序列是由一系列特定的DNA或RNA碱基所组成，这些碱基编码了病毒的各种蛋白质...
SARS-CoV-2codon usagesecondary structurebioinformaticsVAITA consistent area of interest since the beginning of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic has been the sequence composition of the virus and how it has changed over time. Many resources have been ...
曾益新介绍,该事件起源于武汉大学一些研究人员发表的一篇论文,在国际刊物《SMALL》上,论文题目是《纳米孔靶向测序用于准确和全面检测SARS-CoV-2和其他呼吸道病毒》,这篇文章报了一种测序方法。去年3月份投稿时需要测序结果,以此来判断测序的准确性,方法是不是可靠,所以研究者将具体的新冠肺炎病毒测序结果上传到由美国国...
▲国家卫生健康委副主任 曾益新 曾益新说，已经对该事件进行了调查，报道里面提到的序列删除的问题，是起源于武汉大学的研究人员发表在国际刊物《SMALL》上的论文——《纳米孔靶向测序用于准确和全面检测SARS-CoV-2和其他呼吸道病毒》，这篇论文报告了一种测序方法。3月份，研究者投稿时需要测序结果，所以研究者将具体...
曾益新说,已经对该事件进行了调查,报道里面提到的序列删除的问题,是起源于武汉大学的研究人员发表在国际刊物《SMALL》上的论文——《纳米孔靶向测序用于准确和全面检测SARS-CoV-2和其他呼吸道病毒》,这篇论文报告了一种测序方法。3月份,研究者投稿时需要测序结果,所以研究者将具体的新冠肺炎病毒的测序结果上传到美国NC...
图2:CNCB-NGDC核心数据资源 2019nCoVR: 2019nCoVR(https://bigd.big.ac.cn/ncov/)是一个开放获取的SARS-CoV-2信息资源。它包含所有公开可用的SARS-CoV-2分离物的基因组序列和临床信息,这些信息由内部的自动化管道进行人工管理,并进行质量评估和增值注释。因此,它...
在不同数据量规模上 TaxonKit速度一直很稳定,均为2-3秒,时间主要花在解析Taxonomy数据文件上。 列出lineage每个分类学单元的的taxID和rank和名称,比如SARS-COV-2。 # lineage提取SARS-COV-2的世系 $ echo "2697049" \ | taxonkit lineage -t -R \ | sed "s/\t/\n/g" 2697049 Viruses;Riboviria;Orthorn...
III.对于同一个区段用不同工具设计出来的引物探针序列未必相同,但并不代表有的质量差。比如这次针对SARS-CoV-2的ORF1ab设计的引物探针,中国CDC和美国CDC给出的序列就都不一样。事实上能够满足qPCR实验要求的引物和探针组合是很多的,所以设计时我们不必执着于质量最高的那个组合。
曾益新介绍了此次事件的完整经过:报道中提到的序列删除的问题,起源于武汉大学研究人员在国际刊物《SMALL》上发表的一篇论文《纳米孔靶向测序用于准确和全面检测SARS-CoV-2和其他呼吸道病毒》。文章中报了一种测序方法,3月投稿时需要测序结果来判断测序的准确性。所以研究者将新冠肺炎病毒测序结果上传至美国NCBI数据库,该...