感谢您的反馈,NCBI的BLAST团队很高兴推出核心核苷酸数据库(core_nt),它是默认nt数据库的替代方案,包含更明确的内容,且数据库大小不到原先的一半。 BLAST core_nt相较于nt的优势 启用更快的搜索 对大多数搜索返回类似的最佳结果 为某些高度代表性的有机体减少冗余 更易于下载,并且所需存储空间更少,适用于独立运行B...
NT(Nucleotide Sequence Database),核酸序列数据库,是NR库的子集。 NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接下载下来,需要注意的是,NR和NT库是被切分为以数字命名的子数据库上传的(...
README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: perl update_blastdb.pl ...
通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: 代码语言:javascript ...
nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的) 背景介绍 blast+:ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl blast db:ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl README:ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl 但是以NT库为例,截至2022年11月17日包有219G,网络不好的情况下,下载很慢,如何快速下载? 1.Aspera 下载 nt ...
本文旨在帮助您理解如何构建NCBI Blast本地数据库，包括NT和NR等。首先，我们需要访问ftp.ncbi.nlm.nih.gov获取blast+、blast db以及README文件，以便了解数据库的详细信息。NR数据库是非冗余的蛋白库，而NT数据库则是部分非冗余的核酸库。在安装了BLAST+的程序包后，可以通过脚本update_blastdb.pl轻松...
NT库是目前最全的物种基因信息数据库,里面存放了已知物种的全部DNA序列信息。NT库是NCBI最著名的数据库之一,也是生物信息分析中最常用的库。 之前我们介绍过的NCBI 在线blast工具,默认库就是NT/NR库。 NT库的特点就是大,大,大!最新的一个版本为616Gb。
记录常用的NCBI数据库,方便查询。 一、NCBI库 1 下载基因组 1.1 方法:NCBI ftp genome download 1.2 reviewed genome完整列表:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ASSEMBLY_REPORTS/ 1.3 基因组信息 下载名称:GCF_000063585.1_ASM6358v1_genomic.fna
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