方法一:Aspera下载(推荐) Aspera是一个下载工具,需要提前安装。 其下载链接为:https://www.ibm.com/aspera/connect/ 安装后即可通过以下命令,一键下载。时间根据网速几个小时~十几个小时不等,好处就是不会断。提交后耐心等待结果即可。 ##NT库下载命令nohup ascp -v -k 1 -T -l 400m -i ~/asperaweb_id...
wget -c "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/v4/nt_v4.*.tar.gz" # Note: if you are using a more recent blast verions (beyond v2.6) # you will need a the newer database format 4 NCBI_nr库 wget-c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nr.*.tar.gz# 下载blast格式化nr库,比直接...
但是以NT库为例,截至2022年11月17日包有219G,网络不好的情况下,下载很慢,如何快速下载? 1.Aspera 下载 nt 库: ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 100M -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz ./ 2.联系我获取国内下载源 欢迎私信编辑...
通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: 代码语言:javascript ...
一、直接下载nr blast库 ncbi ftp:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ wget-c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nr.*.tar.gz 因为是拆分好的,下载速度还可以,完全依赖网速。 ascp也许更快吧:NR数据库简介 二、blastp nr 注释 blastp \-db/home/cheng/Databases/NCBI_nr/nr \-query Result/prokka/...
通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: perl update_blastdb.pl --showall ...
在安装了BLAST+的程序包后，可以通过脚本update_blastdb.pl轻松下载数据库。在命令行中，可以看到如16S_ribosomal_RNA等众多可供选择的数据库，下载nt库的命令也非常简单，支持后台下载和断点续传。然而，由于nt库的文件大小超过80GB，网速不佳时，推荐使用Aspera软件进行高速下载，具体安装方法已在之前的...
NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接下载下来,需要注意的是,NR和NT库是被切分为以数字命名的子数据库上传的(如下图所示),将所有的子数据库放到同一个目录下,解压缩后构建索引...
NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接下载下来,需要注意的是,NR和NT库是被切分为以数字命名的子数据库上传的(如下图所示),将所有的子数据库放到同一个目录下,解压缩后构建索引...
NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接下载下来,需要注意的是,NR和NT库是被切分为以数字命名的子数据库上传的(如下图所示),将所有的子数据库放到同一个目录下,解压缩后构建索引...