自2024年8月起,NCBI将推出新的BLAST核心核苷酸数据库(core_nt),作为blast默认数据库。 原有的NCBI blast默认库是赫赫有名的NT库。NCBI的nt库(nucleotide database)是一个包含大量核苷酸序列的数据库,广泛用于生物信息学和基因组研究。nt库包含来自各种生物体的核酸序列,包括真核生物、原核生物和病毒的基因组、转录...
NT(Nucleotide Sequence Database),核酸序列数据库,是NR库的子集。 NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接下载下来,需要注意的是,NR和NT库是被切分为以数字命名的子数据库上传的(...
NT(Nucleotide Sequence Database),核酸序列数据库,是NR库的子集。 NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接下载下来,需要注意的是,NR和NT库是被切分为以数字命名的子数据库上传的(...
通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: 代码语言:javascript ...
在安装了BLAST+的程序包后，可以通过脚本update_blastdb.pl轻松下载数据库。在命令行中，可以看到如16S_ribosomal_RNA等众多可供选择的数据库，下载nt库的命令也非常简单，支持后台下载和断点续传。然而，由于nt库的文件大小超过80GB，网速不佳时，推荐使用Aspera软件进行高速下载，具体安装方法已在之前的...
##NT库下载命令nohup ascp -v -k 1 -T -l 400m -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz ./ & 注意下载后的数据库还需要解压缩和建index后才能直接使用 #解压缩gunzip nt.gz#建indexnohup makeblastdb -in nt -parse_seqids -hash_index -dbtype ...
刚才下载的nr库就是蛋白库,blastx就是用来将核酸序列比对到蛋白库上的。(nt就是核酸库) 因为我们下载的是已经建好索引的数据库,所以省去了makeblastdb的过程。 常见的命令有下面几个: -query <File_In> 要查询的核酸序列 -db <String> 数据库名字 ...
您可以在页面上找到“Links & Tools”条目，点击“CCDS：CCDS11118.1”，进入相应的详细页面，找到“Nucleotide Sequence（1182 nt）即CDS序列”，找到“Translation（393 aa）即蛋白序列”。另外，在基因相关信息页面，下拉找到“NCBI Reference Sequences(RefSeq)”条目，在“mRNA and Protein(s)”里可以看到有不...
1、建立NR/NT/WINDOW_MASKER库配置文件 参考地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279695/#usermanual.Configuring_BLAST_via_configu 说明: NT:non-redundant nucleotide 非冗余核苷酸序列库 NR:non-redundant protein 非冗余蛋白质序列库 2、下载NT/NR库...
nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的) 背景介绍 blast+:ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl blast db:ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl README:ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl 但是以NT库为例,截至2022年11月17日包有219G,网络不好的情况下,下载很慢,如何快速下载? 1.Aspera 下载nt 库...