下面我们以“肥胖”(obesity)为例,进行GEO数据库的学习。 首先,进入NCBI的官网(百度输入”NCBI”即可),在检索框中输入”obesity”,选择GEO DataSets,进行检索,共检索到11295条记录(如图1所示),在检索结果显示后,勾选右侧的物种信息(本例中我们选择”Homo sapiens”)(如图2所示),得到6110条记录。 图1 进入GEO D...
GEO Browser:这是一个图形化界面,用户可以通过这个工具浏览GEO数据库中的数据集,查看数据集的详细信息及其可视化结果。GEO Browser为用户提供了一个友好的界面,方便非专业人士进行基因表达数据的探索和理解。 GEO DataSets:这是GEO提供的一个数据集汇总平台,用户可以在这里查找和下载特定的基因表达数据集。这个平台提供了...
GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample 推荐:在上传所有数据前,...
GEO中的数据类型包括：GPL（Platf orm）是特定的芯片或测序平台类型；GSM（Sample）参与基因表达测序的样本或个体信息；GSE（Series）是一组相关样本实验测定的基因表达数据谱；GDS（Datasets）是由GEO数据库维护团队综合多组实验产生的整合的表达数据集，并含有预处理得到的聚类、差异表达等数据分析信息。NCBI下拉菜单提供...
Datasets是由GEO工作人员将Series数据整理所得，可以被可视化和分析，代表了生物学和统计学上可以被比较的...
GEOmetadb:这是另一个R语言包,提供了一个SQLite数据库,包含了GEO数据库的元数据。用户可以通过SQL查询,快速检索和分析GEO数据库中的元数据。 其他工具:除了上述几种工具,GEO数据库还提供了多种其他工具,如GEO Profiles、GEO Datasets等。这些工具各有特点,用户可以根据具体需求选择合适的工具。
1. GEO DataSets:GEO DataSets是NCBI提供的一个免费的在线数据库,可以查询和下载来自公共基因表达谱数据集的元数据。用户可以根据关键词、样本类型、实验条件等搜索数据集,并查看每个样本的基因表达量数据。 2. GEO2R:GEO2R是一个在线工具,允许用户根据已有的基因表达谱数据生成自定义的Gene Expression Comparison(GEC...
Gene Expression Omnibus (GEO) Datasets 存储从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库组装的基因表达和分子丰度数据集。数据集每个记录包含其他资源,包括集群工具和差异表达式查询。 Gene Expression Omnibus (GEO) Profiles 存储从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库组装的单个基因表达和分子丰度配置文件。 基于基因注释或预...
Gene Expression Omnibus (GEO) Database 公共功能基因组数据库,支持符合MIAME标准的数据提交。接受基于芯片和测序数据,并提供工具以帮助用户查询和下载实验数据并研究基因表达谱。 Gene Expression Omnibus (GEO) Datasets 存储从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库组装的基因表达和分子丰度数据集。数据集每个记录包含其他...
GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 这些数据都可以在ftp里面直接下载。 二、数据上传 上传的方式: 网页 Excel表格 软件 MINiML格式上传 详细上传方法,参见:/geo/info/ 提交Affymetrix芯片数据到GEO数据库 / 三、数据挖掘 Entrez GEO-DataSets ...