第一部分 利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、 启动子(Promoter) 下面以人的 IL6(白细胞介素 6)为例讲述一下具体的操作步骤 1. 打开Map viewer 页面, 网址为: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html 在search 的下拉菜单里选择物种,for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示: 2.点击...
包含这个基因的文献等),Protein版块 (蛋白功能域信息),Genome版块 (基因组序列、注释文件的获取),GEO版块(公共数据的下载),Map viewer(目标基因在基因组的定位信息,基因序列、内含子、外显子排列,遗传图谱,EST,SNP等),BLAST(BLAST序列查找使用,smartBlast帮你在特别多的结果中选出最合适的)....
先看下genome view: Genome view的目的是根据你查询的结果提供基因组的整体形象,没有太多细节显示,提供与你查询相关的结果,并且给出他们在基因组中的定位,根据这些你可以找到你想要找的基因。具体看下吧,我找人的p53基因,在map viewer的search中输入相应的查询条件: 附:以下所列的都可以用来查询 也可以用BLAST查询。
1. 打开NCBI,在下拉栏里选择Genome,之后输入下载物种的拉丁名。以拟南芥Arabidopsis thaliana为例。 搜索结果如下图所示: 2. 点击上图的“GenomeAssembly and Annotation report”进入下面的界面: 将上图中scaffold和conting前的√去掉,系统会自动筛选出比较好的基因...
Genome涉及的物种涉及所有的生物领域：细菌、古细菌、真核生物，以及许多病毒、噬菌体、类病毒、质粒和含遗传物质的细胞器。如我们选择人类基因组（检索人类拉丁种名“Homo Sapiens＂或“Human＂），可通过进入NCBI MapViewer查看24条染色体的图谱、基因定位情况，并获取该染色体全部或局部DNA序列、孟德尔遗传相关、多态（...
内容主要涉及Gene版块 (基因的注释信息、基因组的位置、不同物种表达、基因相互作用、包含这个基因的文献等),Protein版块 (蛋白功能域信息),Genome版块 (基因组序列、注释文件的获取),GEO版块(公共数据的下载),Map viewer(目标基因在基因组的定位信息,基因序列、内含子、外显子排列,遗传图谱,EST,SNP等),BLAST(BLAST...
Choose Search Set 部分是让我们选择要与目的序列比对的物种或序列种类(genome DNA、mRNA 等等)。如果是人或老鼠的话,就可以直接选择了如果是其他物种就要选择“others”了,这时候网页会主动跳出一个下拉对话框和一个输入式对话框,你可以分别选择和输入要跟你的序列比对的序列种类和物种。下面的 Entrez Query 可以对...
1. 打开Map viewer 页面, 网址为: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种,for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示: 2.点击“GO”出现如下页面: 3. 在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框, 在Gene ...
1. 打开NCBI,在下拉栏里选择Genome,之后输入下载物种的拉丁名。以拟南芥Arabidopsis thaliana为例。 搜索结果如下图所示: 2. 点击上图的“GenomeAssembly and Annotation report”进入下面的界面: 将上图中scaffold和conting前的√去掉,系统会自动筛选出比较好的基因组,一般来说,选择level这一列中测序水平最高的一组...
内容主要涉及Gene版块 (基因的注释信息、基因组的位置、不同物种表达、基因相互作用、包含这个基因的文献等),Protein版块 (蛋白功能域信息),Genome版块 (基因组序列、注释文件的获取),GEO版块(公共数据的下载),Map viewer(目标基因在基因组的定位信息,基因序列、内含子、外显子排列,遗传图谱,EST,SNP等),BLAST(BLAST...