1.下载安装 其中datasets可以访问NCBI各种资源数据,dataformat可实现结果在各种格式中无缝切换。 也支持conda的方式: # 创建ncbi_datasets环境并安装ncbi-datasets-cli conda create -n ncbi_datasets -c conda-forge ncbi-datasets-cli 2.示例 # 下载基因信息并保存为example_gene_data_package.zip datasets download ...
curl-o dataformat'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/datasets/command-line/LATEST/mac/dataformat' 命令行组成:dataset download genome taxon taxon_number 安装:需要用chmod命令赋予权限,(mac用户直接把二进制文件拖进终端即可,linux的有界面的也可以这么做,windows同理) chmod +x /your_dir/dataset 查看怎么...
资源分类:Python库 所属语言:Python 资源全名:NCBI_Companion-2.1.1.tar.gz 资源来源:官方 安装方法:https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059 上传者:qq_38161040时间:2022-05-19 Python库 | ncbi-datasets-pylib-3.53.1.tar.gz
每个数据集都有个项目号(PRJNAxxxx),上图中的是PRJNA767323,直接输入搜索框,后续下载方式见上文。
注2:NCBI常见选项:Nucleotide(核酸序列)、Protein(蛋白序列)、Gene(基因信息)存的都是详细信息及注释,而GEO Datasets/SRA Experiments/GEO Profiles存的是原始序列信息 (2)选择一个序列进行下载 注:搜索oct4可以看到有很多个Gene,代表不同物种和实验中所测得的相同基因序列。如图POU class 5 homeobox 1 [Homo ...