干货｜NCBI 引物设计 Primer-BLAST是NCBI中提供的引物设计工具，将BLAST与全局对准算法相结合，可以一步到位地设计特异性引物，并且可以验证已知引物的特异性，是科研人赖以生存的好伙伴。1.打开NCBI官网，选择BLAST 2.选择Primer-BLAST 3.Primer-BLAST 的输入 进入页面后，具体分为4个部分，分别为PCR Template、Primer...
🔧 点击Pick Primers,设置产物长度在80-150bp之间,Tm值设为60℃,确认物种无误后,点击Get Primer。⏳ 等待几分钟,系统会生成引物序列。在BLAST中验证其特异性。🔍 继续向下滚动,点击Primer-BLAST。📑 将生成的引物序列分别输入到F和R框中,其他参数保持默认,点击Get Primers。🎯 选择仅针对目标基因的引物,...
Primer-BLAST是NCBI中提供的引物设计工具,将BLAST与全局对准算法相结合,可以一步到位地设计特异性引物,并且可以验证已知引物的特异性,是科研牛马赖以生存的好伙伴。 1.打开NCBI官网,选择BLAST 2.选择Primer-BLAST 3.Primer-BLAST 的输入 进入页面后,具体分为4个部分,分别为PCR Template、Primer Parameters、Exon/intron...
第四部分 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性 提到序列比对,绝大多数战友都会想到 BLAST,但 BLAST 的使用确实又是一个很大的难题, 因为他的功能比较强悍, 里面涉及到的知识比较多, 而且比对结束后输出的结果参数 (指标)又很多。如果把 BLAST 的使用详细的都讲出来,我想我发帖发到明天也发不完,更何况我...
Primer-BLAST可以直接从Blast主页(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)找到,或是直接用下面的链接进入:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ 2. 输入引物序列信息 输入引物的序列(注意引物的方向) 3. 引物比对条件设置 (1)选择数据库(Database) 在specificity check区,选择设计引物或验证引物时的...
NCBI BLAST引物设计流程 目录1. 粘贴序列22. 参数设置23. 结果验证3 粘贴序列 输入网址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?,进入Primers for target on one template 引物设计界面 图1 参数设置 在进行qPCR引物设计时可以用此方法排除DNA污染,也可以不用,但需要注意DAN污染。
4.等待几分钟后获得结果,在BLAST中验证特异性。 5.下拉点击primer-BLAST 6.将获得的引物序列根据F和R输入到相应的框内,其他参数不用调节,直接点get primers。 7.选择仅有目的基因的引物,其他基因出现越多特异性越差。 接着就可以把你满意的引物序列发给公司让他们帮忙合成了,撒花!
打开NCBI官网,点击“BLAST”,选择目的基因的种属。 粘贴设计的引物碱基序列,选择Database中的“RefSeq RNA”进行BLAST。 查看结果,确保“Query Cover”接近100%,“E Value”越小越好。 选择扩增出来的基因,核对是否只能扩增出目的基因。 方法三:用Primer-BLAST验证 🧬 打开Primer-BLAST页面。
基于NCBI-primer blast的引物设计及验证 基于NCBI-primer blast的引物 设计及验证