DELTA-BLAST全称域增强查找时间加速BLAST,使用保守域数据库搜索的结果构造 PSSM来搜索序列数据库。 选择界面如下图所示: Blastp的Algorithmn parameters设定和Blastn的相似,除了在ScoringParameter上设置不同。如下:计分矩阵默认BLOSUM62,对于常规的Blastp是最佳选项,可选择PAM30,70,250以及BLOSUM80,62,45,50,90,针对...
Matrix(矩阵):对于BLASTP,共有8个氨基酸替换矩阵可选择,默认BLOSUM62。 对于短序列查询,建议使用PAM30矩阵(https://share.mubu.com/doc/3a3Wxo_Lzru)。 Gap costs(空位成本):空位分数包括打开罚分和延伸罚分,空位成本被设定为G(10,15),L(1,2),又叫仿射空位罚分。
DELTA-BLAST全称域增强查找时间加速BLAST,使用保守域数据库搜索的结果构造 PSSM来搜索序列数据库。 选择界面如下图所示: Blastp的Algorithmn parameters设定和Blastn的相似,除了在ScoringParameter上设置不同。如下:计分矩阵默认BLOSUM62,对于常规的Blastp是最佳选项,...
可以注册NCBI账户,获得比较个性化的服务,参考NCBI数据库指南(一)。登录时执行的BLAST搜索允许通过“最近的结果”页面访问36小时的搜索结果。保存的策略将被永久保存。 2-提交搜索的工具之一:基本的BLAST 2.1 有五个BLAST搜索页面,每个页面执行特定类型的序列比对。具体如下: 2.2 BLAST序列数据库的内容如下: 2.3 核苷酸...
Primer-BLAST是NCBI中提供的引物设计工具,将BLAST与全局对准算法相结合,可以一步到位地设计特异性引物,并且可以验证已知引物的特异性,是科研牛马赖以生存的好伙伴。 1.打开NCBI官网,选择BLAST 2.选择Primer-BLAST 3.Primer-BLAST 的输入 进入页面后,具体分为4个部分,分别为PCR Template、Primer Parameters、Exon/intron...
点击Algorithm parameters,可以展开BLAST的参数。Max target sequences:最多输出比对到的序列数目,根据实际需要设置;Expect threshold:E值,一般设置1e-5。设置完成后点击BLAST即可。 4,blast结果。在blast结果的描述区域(Descriptions)中:Query Cover:代表你的序列有多少比对到数据库中了。E value:表示随机匹配的可能性...
这个视频囊括了怎么用ncbi数据库的blast工具寻找相似菌种,用mega软件构建系统发育树。希望对写文章和做毕设的同学有所帮助!!视频还是没有做到很完美,如果小伙伴们有疑惑可以评论区留言,或者私信我,看到就会给大家回的。另外mega软件大家一定要在官网下载,不要去那种
BLAST主要程序包括打开blast(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi),输入比对序列及参数,以及分析BLAST结果。BLAST结果评价标准主要有E值(Expect)、一致性(Identities)、缺失或插入(Gaps)和序列长度(length)。Score表示序列比对过程中计算的得分值,Expect表示随机匹配的可能性,Identities表示序列相似性,Gaps表示插入...
NCBI 中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性。1.NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性Blast导航主页面主体包括三部分BLAST Assembled Genomes选择你要对比的物种,点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST 包含5个常用的Blast,每一个都附有简单介绍Specialized BLAST 是一些特殊目的的Blast。2.Blast导航...
如果在BLAST的结果中没有直接显示基因名称,可能是因为序列匹配到的是一个未经注释的基因区域,或者序列...