MegaBLAST是一种BLASTN程序主要是用来在同一物种非常相似的序列相似度大于等于95%之间同源性的比较。鉴定某一段核酸序列是否存在于数据库最好的方法就是选择MEGABLAST。当然BlastN/MEGABLAST/Discontiguous MEGABLAST都可以完成这种事情。但MEGABLAST就是特别设计用于非常相似长序列之间的比对可用于寻找查
blastn 是用DNA序列去检索其匹配序列时的选项，告诉程序你的序列是核酸序列，你希望检索核酸库，是最常用的一种检索方式。balstp是用蛋白序列去检索时的选项。blastx是你希望数据库把你提交的序列去同时检索DNA库和蛋白库。tblastn是你提交的是DNA序列，你希望程序自动将其翻译后去检索相匹配的蛋白序列。
访问NCBI网站，首先需要访问：http://130.14.29.110/BLAST/index.shtml，选择"Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)"选项。在页面中，找到一个较大的输入框，这里需要输入你想要搜索的序列。输入完毕后，点击"BLAST!"按钮，启动搜索。接下来，根据搜索结果的格式要求，点击"Format!"按钮。这将打开一个...
BLAST 程序在两个方向扩展 HSP,直至序列结束或联配已变为不显著。替 换矩阵在扫描(scanning)和扩展过程被应用。最后在 BLAST 报告中被列出的序列 都是所有得分最高的序列。 以上述及的初始字长便是由Word siez值设定。BLAST只对字长为W的“字”进行扩展联配。BLAST 的字长缺省值为 11,即 BLASTN 将扫描数据库...
【BLAST链接】https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 根据自己的序列类型选择相应模块,一般选择Nucleotide BLAST. 输入检索号或FASTA序列,选择物种(根据自己的序列来源来选择,常用的是house mouse或者human),然后直接点击左下角“BLAST” 结果图,主要看描述的具体名称和匹配率 ...
blastn 是用DNA序列去检索其匹配序列时的选项,告诉程序你的序列是核酸序列,你希望检索核酸库,是最常用的一种检索方式。 balstp是用蛋白序列去检索时的选项。blastx是你希望数据库把你提交的序列去同时检索DNA库和蛋白库。tblastn是你提交的是DNA序列,你希望程序自动将其翻译后去检索相匹配的蛋白序列。所以,选择什么...
你进了NCBI的blast页面之后，粘贴进去序列，下面的program selection 选择第三个。结果中有一个“Gallus gallus”，即是家鸡了（应该是从上面数第二个结果）。
先到：http://130.14.29.110/BLAST/index.shtml 选择 Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)然后在Search旁边那个大方框里填你要寻找的序列，然后点 BLAST!然后按 Format!这时会弹出一个新的窗口，慢慢等个十几秒几十秒……出来的结果会将找到的序列按是否接近排列出来.点最左边一栏(例：gi|...
NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库。 脚本使用方法: perlupdate_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库? perlupdate_blastdb.pl --showall 该命令会显示所有可供下载的blast数据库,请自行选择: 16SMicrobial ...