filename2：文件名2，如双端测序的第二个文件 sample1_R2_001.fastq.gz。assembly：组装，仅当您提交...
进入https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,在左侧下拉菜单选择“Assembly”,输入刚才找到的基因组编号: 03、搜索及下载: 点击搜索,进入该基因组的组装信息界面,可见该基因组仅被录入GenBank而未被RefSeq收录(蓝框),因此我们选择下载基因组。点击右侧“Download the GenBank assembly”(图中红框): 04、进入下载页面: 可...
2.选择网页版上传,并将基因组中的染色体和质粒的fasta文件全部上传(细菌完成图上传Assembly文件夹*.fasta文件,细菌框架图上传Assembly文件夹*.scaffolds.fna文件),上传后点击Continue进入下一步; 3.Assignment:需要确认组装得到的染色体有几条、是否含有质粒,染色体和质粒是否为完整的环状的,以及Sequence ID需要与fasta文件...
2.选择网页版上传,并将基因组中的染色体和质粒的fasta文件全部上传(细菌完成图上传Assembly文件夹*.fasta文件,细菌框架图上传Assembly文件夹*.scaffolds.fna文件),上传后点击Continue进入下一步; 3.Assignment:需要确认组装得到的染色体有几条、是否含有质粒,染色体和质粒是否为完整的环状的,以及Sequence ID需要与fasta文件...
③Genomes for selected organisms (primary reference assembly only)：包含了来自主要染色体装配的完整或接近完整的基因组序列，仅包括一些限定的物种。适用于不考虑替代基因组或者线粒体序列的情况；④core_nt：基本与nt相同，只是它没有NCBI基因组组装的一部分的真核生物染色体序列；⑤nt：包含了除EST，STS，GSS，...
4、species_taxid物种分类编号(种水平) 5、organism_name物种名 6、assembly_accession该基因组的唯一编号 7、isolate所属个体名,菌株名 8、version_status版本号状态 9、assembly_level组装状态,指是否为完成图等 10、release_type版本状态,指是否公开
，目前的“assembly program”为“Lasergene，version 7.0”。填写完毕点击CONTINUE。后续步骤包括描述序列、提交者信息、序列数据、序列文件、序列质控、序列鉴定、序列注释、序列存储等。每一步都需要仔细填写相关信息，直至最后一步，点击Submit完成序列提交。提交后，会收到确认邮件，确认提交成功。
4、species_taxid物种分类编号(种水平) 5、organism_name物种名 6、assembly_accession该基因组的唯一编号 7、isolate所属个体名,菌株名 8、version_status版本号状态 9、assembly_level组装状态,指是否为完成图等 10、release_type版本状态,指是否公开
txt，点击Retrieve，搜索到5条匹配结果，下载即可。蛋白质序列下载同上，只需选择protein数据库并上传文件。组装序列下载则选择Assembly数据库并上传文件。操作简便，步骤一致，只需按照指引完成文件上传和检索。通过Entrez系统，用户能够高效地下载NCBI上的各种生物序列数据，为科研、教学等提供了便利。
※提示：新版的BankIt中，接下来会有“Sequencing Technology”一项，呈现有454、Illumina、SOLiD及Other等测序方法选择，目前为“Sanger dideoxy sequencing”即一代测序方法测序，并且所提交的序列均为“assembled sequences”，目前的“assembly program”为“Lasergene，version 7.0”。3.3 Nucleotide 包括...