投必得,全专业顶级论文润色专家。 更多干货内容欢迎关注投必得学术微信公众号topeditUS。 如何在NCBI中查找某个基因的基因id和序列的Accession Number?
在NCBI的序列数据库中，ACCESSION是一个核心编码。其格式为CC_###，其中CC代表两个字母的组合，用于区分核酸序列、蛋白序列等类型，而#则是位数不等的数字。值得注意的是，CC_###.#最后的尾数递增，这表示序列信息已经过更新。每个ACCESSION编号都唯一对应一个序列，且具有稳定性，不会随意更改。不同的ACCESSION编...
PSSM-ID: 保守结构域的位置特定得分矩阵 (PSSM) 的标识符。 From: 保守结构域在查询序列中的起始位置。 To: 保守结构域在查询序列中的终止位置。 E-Value: 表示匹配的期望值,值越小,匹配越显著。 Bitscore: 用于衡量匹配质量的分数,分数越高,表示匹配的质量越好。 Accession: 保守结构域的数据库访问号。 Shor...
根据Accession id下载NCBI基因组 usage: 脚本就不注释了,会perl的都看得懂;测试了下,速度感人OTZ,淦! #!/usr/bin/env perlusestrict;usewarnings;useCwdqw/getcwd/;useGetopt::Long;useNet::FTP;usefeature'say';my@argv=@ARGV;my$version="0.1.0";my$outdir||=getcwd();my($input,$list,$all,$help,...
NCBI会定期在FTP中审核数据,最后给出Accession Number,一般为一天之内。审核完毕的数据可能不会马上被NCBI收录,一般需要2-4天才能被搜索到。可以随时在SRA的Submission中查询到目前的审核进度等。 注意最终使用的Accession Number一般为运行(Run)的编号,SRR开头。 可以点击Submission Id进入查看...
1.ACCESSION,形式为**_###,其中**为两个字母,其不同组合又可以区分为蛋白序列、核酸序列或基因组序列,而#为位数不等的数字;ACCESSION后面又会加版本号,以**_###.#形式表示,最后的尾数不同表示序列信息有所修改,数字越大版本越新。 2.GI,是GenBank Id的缩写,是序列的ID号,为唯一标识符。这是Genbank的...
Accession: 保守结构域的数据库访问号。 Description: 保守结构域的描述性信息, 提供了关于保守结构域功能、结构和可能的生物学意义的文字描述。 Interval: 保守结构域在蛋白质序列中的起始和结束位置。 E-value: 表示匹配的期望值,E-value 越小,表示匹配更显著,更有生物学意义。
Accession: 保守结构域的数据库访问号。 Description: 保守结构域的描述性信息, 提供了关于保守结构域功能、结构和可能的生物学意义的文字描述。 Interval: 保守结构域在蛋白质序列中的起始和结束位置。 E-value: 表示匹配的期望值,E-value 越小,表示匹配更显著,更有生物学意义。
accession ID，作为引用使用。最后步骤：邮件查询若未收到邮件，登录账号进入SRA上传界面，查看Bioproject accession，同样可用于文章引用。如有需要，可向NCBI邮箱查询SRA accession信息。遵循以上步骤，即可高效完成组学数据在NCBI的上传过程，获取登录号Accession Number，助力科研成果的分享与引用。
2.下翻网页找到NCBI Reference Sequences (RefSeq)区域,mRNA and Protein(s),即可找到该Gene ID下面的一个或多个转录本号(Transcript ID),选择您最终要研究的转录本号。 如何查找miRNA Accession? 登录miBase网站,输入miRNA名称,提交即可查找到Accession No.以及是否为成熟体(Mature). ...