从ncbi批量下载序列数据 将id写入一个文件,如id.txt 下载ncbi-acc-download pip install ncbi-acc-download 写批量下载的命令 for i in `cat id.txt`;do echo ncbi-acc-download $i --format fasta;done > command.sh 运行comman.sh就行 nohup sh command.sh &...
例如,我们要下载SRP108428(阅读文献可以找到公开数据的project号)下的所有数据,打开NCBI网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP108428(此处为project号),点击"Accession List"键,下载得到SRR List 储存在sra.txt文件中。那么我们就可以通过下载地址规律生成所有样品的ftp的下载地址: ftp://ftp-t...
hwe 星郭 点rn ta MJtimit Receiving an Acc*ssio -ii r ii ;i T- lb - :- - j:r ii - ,. :| = inlStjDoCMY 16S 1侦叫inal QNA dJla? V(?r * NO Sequence(s) and Definition Line(s) Molec u le Type; |DHAtOmRNA TQRP呼 Linear v| Ganam ic com plttunn 4、ii.: parw ...
7、如果样本比较多可以通过NCBI提供的下载工具SRA Toolkit下载。在SRA Run Selector界面下载所有样本信息Accession list(下载得到SRR_Acc_List.txt文件)。 8、将RR_Acc_List.txt放到sratoolkit.2.11.0-win64文件夹中bin文件夹中,在bin文件夹中按住shift同时点击邮件打开...
acc=DRR296014 2. 利用软件:SRA Toolkit 和 Aspera (1) SRA Toolkit ① 单个下载:指定Run编号下载 prefetch DRR296014 ② 批量下载 :先在NCBI下载所有run的信息 执行命令: prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt ③ 格式转换:sra变成fq # 双端测序:fastq-dump --split-3 sra文件# 单端测序:fastq-...
二.几种代号的意思ACCE55IDH是NCBI序列数据中我们常用到编号(另一个是Gl )( ACCESSION形式为C C 15、# r其中CC为两个字母r其不同组合又可以区分为雷日序列、核酸序列或基因组序 ,而物位数不等的敖宁;ACCESSION后面又会加版本号,以CC #札弄形式表示,最后的 尾数递增表示序列信息较之前的版本有所修改,...
3、an Acc*ssio -ii r ii ;i t- lb - :- - j:r ii -门 屮中 t =讪 i? : 二t ;,”, . .jn-uhjncticrrs as Sequm It 缶 used nrarilv tor subnssiE erf comply? grxame and tarej? batches of sqnres and is 代母国b牢 矗 FT fcr use on MAC PC and Unix piarorns gufarn...
选择单个样本或多个样本,点击Accession List 下载得到SRR_Acc_List.txt 可将SRR_Acc_List.txt下载到本地后上传至Linux,也可获取SRR_Acc_List.txt链接在Linux里直接下载 (单个样本) (多个样本) 根据该SRR_Acc_List.txt下载SRR数据并转换为fastq文件:
>CL4278.Contig1_All size 488 gap 0 0% TTTTTTTTTAAAATTTAAAACCAGTATTTAATCATCTGAGCCTTCATCAA CATTTTCAGTTGTTAGACCCTTAAAGGATGCAACTGGTACAAAGGAACAG AGAGTATAAAACGCATGAGGGGAGTCTTCATCTTCATTGCGCCGACGGGA GAGACGAACACGCACTCGGAAAGGTGGATTTTTAATACCACGAGACCAGA TGAACTTGTTCAATCTAAGCTCAATACGGACATCCTCTGTTCTCATTTCC TT...
NCBI具有强大的功能,今天就sra数据下载为例进行简单的介绍 进入NCBI百度NCBI官网,点击进入,或者直接搜索链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 选择需要的数据...下载,prefetch 放在sratoolkit文件夹下的bin里,使用如下命令对数据进行下载,其中SRR_Acc_List.txt在前面已经下载过。sra数据会下载到bin目录下的ncbi ...