第一步、下载和安装prefetch软件; 第二步、解压sra文件,如有特殊情况需要对测序文件进行合并,依据cellranger的要求对文件进行重命名; 第三步、安装和运行cellranger。 1、安装prefetch(在NCBI官网Download下载) wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz ...
NCBI数据库中human hemoglobin的3D文件 可以在Protein Data Bank (PDB)中下载。具体方法如下：1. 打开PDB网站：https://www.rcsb.org/ 2. 在搜索框中输入“human hemoglobin”，点击搜索。3. 在搜索结果中找到对应的条目，例如“Human Hemoglobin A (PDB ID: 1a3n)”。4. 点击条目链接，进入该条...
第二部分,使用R的shiny工具,零代码做TCGA数据差异表达分析 1.第一期,TCGA表达谱数据和样本类型文件准备。介绍DEApp工具。 2.第二期,讲解如何在DEApp工具中进行数据上传,表达谱归一化,PCA分析,基因过滤,差异表达分析,火山图,结果下载。 3.第三期,讲解DEApp中三种做差异表达分析的方法,limma,edgeR和DEseq2,结果...