图7.不同方法建库对后期读数的偏好性,红线代表RNA片段化,绿线代表反转为cDNA后片段化 先针对mRNA进行打断再进行反转录获得测序reads主要是针对基因本体的;若先反转录,尤其是结合oligo(dT)进行反转录获得的测reads对转录本3'端具有比较强的偏好性,所以在mRNA-Seq中建议采用先对mRNA打断再进行反转录的文库构建方法。
对照组和干旱组间m6A修饰基因与非靶基因mRNA表达变化的累积分布图显示,m6A修饰会影响基因的表达水平(图5 D)。 对两组间的DMP相关基因进行GO富集分析,发现干旱组上调DMP相关基因对光合作用和光反应等生物学过程显著富集(图5 E)。而下调的DMP相关基因则富集于代谢相关的生物学过程(图5 E)。KEGG富集分析显示干旱组上...
不同方法建库对后期读数的偏好性,红线代表RNA片段化,绿线代表反转为cDNA后片段化 先针对mRNA进行打断再进行反转录获得测序reads主要是针对基因本体的;若先反转录,尤其是结合oligo(dT)进行反转录获得的测reads对转录本3'端具有比较强的偏好性,所以在mRNA-Seq中建议采用先对mRNA打断再进行反转录的文库构建方法。 3.反...
将组织放入事先标记好样本信息的RNAase-free管中(管子速冻后无法做标记),立即液氮速冻2min,-80℃保存。 6. MeRIP-seq建库测序流程? MeRIP-seq技术包括MeRIP实验和测序两个部分。 流程图如下图所示: 每组MeRIP-seq由两种类型的样本组成,即immunoprecipitation(IP)样本和Input对照样本。RNA分子首先被片段化成约100-200...
图2 PERSIST-seq流程图和核糖载体测量 七、mRNA细胞内稳定性——预测蛋白产量的主要参数细胞内靶蛋白总产量不仅依赖翻译效率,而且还取决于mRNA进入细胞后,完整的分子能够存在多久。通过测试233条mRNA分子在细胞内的半衰期,发现一个非常有意思的现象,CDSs和5' UTR序列变异引起的细胞内mRNA稳定性的变动范围是最大的,这...
流程图(Credit:Nature Machine Intelligence) 随后,研究者发展了两种模型的可解释性算法和工具。在第一种解释算法中,通过计算梯度加权输入分数定量分别评估了基因序列和RNA-seq两种输入信息对翻译预测的贡献。结果表明RNA-seq对翻译的预测...
m6A修饰下游分析流程图。MeRIP-seq鉴定出人类表皮样本和角质形成细胞系共有的3710个基因,在3'UTR中具有特异性m6A peaks。RNA-seq在 ALKBH5敲低后鉴定出306个下调基因;以|FC|<0.5和P <0.05定义为差异表达基因。FC fold change。最终鉴定出16个同时具有m6A peaks和差异表达候选基因作为ALKBH5的潜在下游靶点。
图9. mRNA建库流程图 参考文献 1.Westermann AJ, Gorski SA, Vogel J. Dual RNA-seq of pathogen and host. Nat Rev Microbiol, 2012, 10(9): 618– 630. 2.Sorek R, Cossart P. Prokaryotic transcriptomics: a new view on regulation, physiology and pathogenicity. Nat Rev Genet, 2009, 11(1)...
图1:m6A甲基化和去甲基化示意图 目前对m6A的转录组研究方法为MeRIP-seq(mRNA甲基化测序)的方法,其原理是通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,将富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析,即可在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究。
图7.不同方法建库对后期读数的偏好性,红线代表RNA片段化,绿线代表反转为cDNA后片段化 先针对mRNA进行打断再进行反转录获得测序reads主要是针对基因本体的;若先反转录,尤其是结合oligo(dT)进行反转录获得的测reads对转录本3'端具有比较强的偏好性,所以在mRNA-Seq中建议采用先对mRNA打断再进行反转录的文库构建方法。