今天和大家简单介绍一下孟德尔随机化研究中最常用的两种方法:逆方差加权法(inverse-varianceweighted,IVW)和MR-Egger法。 在讲述之前,我想先和大家介绍一下我们进行MR分析的必要数据,这个数据必须至少包括5列信息:SNP列;暴露的beta值;暴露的se值;结局的beta值;结局的se值。这里的beta值就是SNP对表型(暴露或者结局)...
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从数学上来看,MR-Egger在进行回归分析前把位于二、三象限的点通过中心(原点)对称的方式分别转化到四、一象限了(二象限对称到四象限,三象限对称到一象限),经过这么转换后SNP对exposure的效应方向也就一致了,也便于解释接下来的多效性问题。 因此,当你的暴露文件中beta值有负数的时候不要直接拟合,可以先翻转符号后...
孟德尔随机化法,MR可视化实操,异质性检验,多效性检验 酸菜教科研 777 0 07:55 最近很火的孟德尔随机化,MR因果推断的假设 解螺旋官方频道 2154 0 17:11 孟德尔随机化—最通俗易懂的介绍 followme-song 2967 0 02:43 孟德尔随机化,MR-Egger回归与其截距项 CodeMedicine 2172 0 ...
MR-Egger法与IVW最大的区别就是回归时考虑截距项的存在,另外它也使用结局方差(se的二次方)的倒数作为权重来进行拟合,具体的R语言代码如下: fit <- summary(lm(b_out ~ b_exp, weights = 1/se_out^2)) 这个代码和IVW的非常相似,区别就在于少了-1,这是因为R函数lm()里默认回归模型保留截距项。同样地...
IVW是最早使用的方法,也是最常用的,它需要SNP完全符合MR研究三原则才能得到正确的因果估计;MR-Egger多加了截距项,其主要目的是判断水平多效性的有无;Weighted Median是利用大部分SNP(majority of genetic variants)来判断因果关系的有无。 接下来是重点部分: ...
孟德尔随机化 ,MR,三个基本假设 解螺旋官方频道 2312 0 09:43 孟德尔随机化法,MR可视化实操,异质性检验,多效性检验 解螺旋官方频道 4718 0 09:05 MR-PRESSO检验原理及实操(孟德尔随机化分析) 医工科研UKB孟德尔 5534 0 51:33 孟德尔随机化_方法_结果_图表_实例讲解_1 只谈学问不聊天 2062 1 展...
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因此,当你的暴露文件中beta值有负数的时候不要直接拟合,可以先翻转符号后再拟合,这样才是MR-Egger计算方法。希望大家注意! 当然,你也可以直接使用TwoSampleMR提供的MR-Egger方法,这是没有问题的。 PS: 之前有小伙伴提出无法从我的Gitee里下载MRinstruments包,米老鼠查看了一下,是我之前把这个MRInstruments库设成私...
IVW是最早使用的方法,也是最常用的,它需要SNP完全符合MR研究三原则才能得到正确的因果估计;MR-Egger多加了截距项,其主要目的是判断水平多效性的有无;Weighted Median是利用大部分SNP(majority of genetic variants)来判断因果关系的有无。 接下来是重点部分: 首先推荐使用“MR-PRESSO”包(后面我会简单介绍它的使用...