MR Base是一个用于孟德尔随机化的在线数据库以及分析平台,由Bristol大学的MRC Integrative Epidemiology Unit开发。它包含了一个在线网页应用(http://mrbase.org), MRInstruments包以及TwoSampleMR包。 安装R包 访问NHGRI-EBI GWAS目录和必要的数据格式化功能需要安装MRInstruments和TwoSampleMR包。这些将由MR_PracticalsR...
MR Base是一个用于孟德尔随机化的在线数据库以及分析平台,由Bristol大学的MRC Integrative Epidemiology Unit开发。它包含了一个在线网页应用(http://mrbase.org), MRInstruments包以及TwoSampleMR包。 安装R包 访问NHGRI-EBI GWAS目录和必要的数据格式化功能需要安装MRInstruments和TwoSampleMR包。这些将由MR_PracticalsR...
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对...
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对...
第一次尝试医学统计常用的MR,我选择了比较多用的R包,TwoSampleMR, 这个包还有一个webApp -- MRbase.所有流程基本和网上可以搜到的一样,这里推荐这个网址:https://www.jianshu.com/p/253309a571aa。 我基本每一步的坑都遇到了,很感谢作者还有另外微信公众号的作者-陈澜澜一直帮我处理报错。记录一下,以防还有...
1. 使用TwoSampleMR获取MR base提供的数据 在使用这个方法之前,你首先需要知道这个暴露的ID号。这里我们以体质指数(body mass index,BMI)作为暴露,该暴露的ID是‘ieu-a-2’,以此获取它的相关数据。 library(TwoSampleMR) #加载R包 bmi <-extract_instruments(outcomes='ieu-a-2',access_token = NULL) #获取...
TwoSampleMR是MR-Base数据库开发团队提供的R包,可以调用MR-Base数据库中已有的gwas结果,来进行2SMR分析,官方文档链接如下 https://mrcieu.github.io/TwoSampleMR/ 2SMR分析需要两个输入文件,第一个文件为遗传变异与暴露因素的gwas结果,第二个文件为遗传变异与结局变量的gwas结果。对于暴露因素相关的gwas结果,TwoSam...
A package for performing Mendelian randomization using GWAS summary data. It uses theIEU OpenGWAS databaseto obtain data automatically, and a wide range of methods to run the analysis. January 2020 major update We have made substantial changes to the package, database and reference panels.For fu...
本软件包依赖库:libopenssl、libpthread、ipset、ip、iptables-mod-tproxy、libpcre,GFW版本还需依赖dnsmasq-full、coreutils-base64,opkg会自动安装上述库文件 软件编译后可生成两个软件包,分别是luci-app-shadowsocksR(原始版本)、luci-app-shadowsocksRV(兼容V2Ray版本),用户根据需要选择其中一个安装即可 ...