Sequence Logo是如何画出来的呢? 作者:snail 审稿:童蒙 编辑:amethyst 计算PFM 还是以MEME example中第一个的Motif结果举个栗子~ 根据包含该Motif的各序列中,统计每个位点四种核苷酸出现的次数,并计算频数即得到Position Frequency Matrix(PFM)。 以第一个位点为例,A出现了2次,T出现了12次,因此矩阵的第一列A计数...
因为功能的单一性,所以其用法也特别的简单,只需要输入motif对应的PPM矩阵就可以了,下面通过一个实际例子来看下 上图为一个motif的PFM矩阵,只需要通过以下几个步骤就可以得到对应的sequence logo。 1. 读取PFM矩阵 将PFM矩阵保存在一个文件pfm.txt中,内容如下 注意PFM矩阵中规定碱基顺序为ACGT, 不能任意调换碱基的...
WebLogo是一款经典的motif可视化软件,在很多的文章中都提到了使用该软件绘制motif的sequence logo。作为一个在线工具,其操作简单,易于使用,网址如下 http://weblogo.threeplusone.com/ 只需要上传序列的多序列比对结果即可, 以下图中的bing sites的序列为例 1. 上传多序列比对结果 点击create菜单,上传fasta格式的多序列...
因为功能的单一性,所以其用法也特别的简单,只需要输入motif对应的PPM矩阵就可以了,下面通过一个实际例子来看下 上图为一个motif的PFM矩阵,只需要通过以下几个步骤就可以得到对应的sequence logo。 1. 读取PFM矩阵 将PFM矩阵保存在一个文件pfm.txt中,内容如下 注意PFM矩阵中规定碱基顺序为ACGT...
ggseqlogo是一个motif可视化的R包,可以看做是seqLogo的加强版。除了基本的创建sequence logo的功能,新增了许多自定义的选项,灵活性更强,项目网址如下 https://omarwagih.github.io/ggseqlogo/ 接受两种格式的motif信息,第一种为序列数据,以下图为例 在R中的表示方式如下 ...
sequence_logo(document.getElementById("logo_aa"), 600, 200, data, options); var data部分就是要画的motif,这是信息熵矩阵,不是PPM。用户可以使用python将信息熵矩阵(字典形式)转换为文本,然后使用该文本替换模板中的var data的部分。 整个python代码如下所示: import...
2. consensus sequences 用一段序列来描述所有序列的碱基组成,称之为一致性序列,采用IUPAC标准的碱基表示法,不同字母对应的碱基如下所示 上述例子中的一致性序列如下 3. sequence logo 为了更加直观的描述motif, 结合所有序列中的碱基分布情况和一致性序列的特征,提出了sequence logo的表示方法, ...
ggseqlogo是一个motif可视化的R包,可以看做是seqLogo的加强版。除了基本的创建sequence logo的功能,新增了许多自定义的选项,灵活性更强,项目网址如下 https://omarwagih./ggseqlogo/ 接受两种格式的motif信息,第一种为序列数据,以下图为例 在R中的表示方式如下 ...
2. consensus sequences 用一段序列来描述所有序列的碱基组成,称之为一致性序列,采用IUPAC标准的碱基表示法,不同字母对应的碱基如下所示 上述例子中的一致性序列如下 3. sequence logo 为了更加直观的描述motif, 结合所有序列中的碱基分布情况和一致性序列的特征,提出了sequence logo的表示方法, 上述例子中的碱基分布...
Sequence Logo展示的是Motif的一致性序列,字母的高度表示该碱基在Site Count各序列中出现的频率,结果中彩色的logo表示显著,不显著的为灰色。第一个motif的Sites为14,即我们输入的序列中,该Motif出现了14次。Width表示该Motif的长度。 点击“More”下的蓝色下拉箭头,可以看到该motif的详细信息。下图结果第一行表示输入...